정 전 회장은 2005년 8월부터 3년 동안 13차례에 걸쳐 회사자금 47억746만원을 빼돌려 자신의 보험료 납부와 채무 변제, 관계회사 설립 등에 쓴 혐의(특정경제범죄가중처벌법상 횡령)로 기소됐다.
1심은 "회장 지위를 이용해 자기 소유 자금처럼 적법한 지출절차 없이 사용했고 피해 회복이 되지않았다"며 징역 1년을 선고했다. 이 판결은 대법원에서 확정됐다.
성동조선해양 창업주인 정 전 회장은 2010년 4월 채권금융기관들에 주식을 담보로 제공하고 의결권과 처분권까지 위임하며 경영권을 포기했다.
성동조선해양은 자금난으로 2010년부터 채권단 공동관리를 받고 있다.