예탁결제원은 그동안 대표이사(CEO)의 경영철학·리더십, 서비스 품질 경영전략, 고객 정보 시스템, 고객 접점 서비스 운영관리, 인적자원 및 조직관리, 효과적인 자원의 활용 및 서비스 경영성 등 여러 분야에서 꾸준한 노력을 기울여 정부경영평가에서 좋은 성적을 거둬온 점이 높이 평가받았다.
'대국민 권리찾기 서비스'에 대한 노력 등 공공기관 본연의 임무에 충실한 공로도 반영됐다. 예탁결제원은 지난 2009년부터 '미수령주식 찾아주기 캠페인'을 실시해 지금까지 8685명에게 5300만주 시가총액 약 6538억원어치의 주식을 주주에게 찾아줬다.
2014년 안전행정부의 협조를 얻어 미수령주식 소유자의 실주소지를 파악해 주주에게 수령안내문을 발송하는 등 민·관·공 협력을 통한 대국민서비스를 제공한 사례는 안전행정부의 정부3.0 실천의 모범사례로 선정되기도 했다.