이에 따르면 비관적인 NASA 관계자와 탐사 예산 고갈, 연료인 플루토늄 조달 위기, 천체 주기 등의 문제로 탐사 자체가 무산될 위기가 여러 번 있었다. NASA는 2000년 예상 비용이 너무 막대하다는 이유로 명왕성 탐사 계획을 포기했다.
명왕성 탐사를 바로 시작해야만 했던 과학자들은 큰 실망감을 표시했다. 우선 1989년 태양과 가장 근접했던 명왕성은 점점 태양에서 멀어지는 궤도로 움직이고 있었는데, 지나치게 멀어지면 명왕성 대기가 얼어붙어 탐사 가치를 떨어뜨리기 때문이다. 특히 명왕성이 다시 태양에 근접할 때까지는 무려 200년을 기다려야 하는 상황이었다.
아울러 명왕성으로 날아가는 과정에서 목성 쪽으로 왼쪽으로 궤도를 틀어 목성의 중력을 받으면 비행시간을 무려 4년이나 단축할 수 있는데, 2006년 1월 이후에 탐사선을 발사하면 목성의 힘을 받는 게 불가능해진다.
발사체를 만들기 시작한 지 두 달만인 2002년 초, 당시 부시 행정부가 명왕성 탐사 예산을 전액 삭감해 위기를 맞았다. 이후 바버라 미컬스키(민주·메릴랜드) 상원의원의 도움과 원로과학자들의 지원으로 가까스로 예산을 따냈다.
탐사 예산이 7억 달러(약 8057억 원) 넘게 올라갔지만 일단 순항하던 프로젝트는 2004년 여름 다시 위기를 맞았다. 태양에서 멀리 떨어진 명왕성으로 가는 탐사선은 태양전지에 의존할수 없어 핵연료를 탑재해야 한다는 문제 때문이다.
미국 정부의 관련 시설이 폐쇄돼 뉴호라이즌스에 탑재할 정도로 충분한 이산화플루토늄 재고분이 없는데다 새로 생산할 수도 없는 상황이었다. 결국, 탐사선의 발전기 효용을 높이는 방향으로 선회한 끝에 2006년 1월 뉴호라이즌스를 발사했다.