인수위는 “초·중등교육의 정상화를 위해 대학 개혁이 필요하다는 정도의 원칙적인 입장을 언급했을 뿐”이라며 “조 당선인이 이전 민주화를 위한 전국교수협의회 공동의장으로 활동할 당시 대학개혁을 위한 교수단체 캠페인의 일부로 '통합국립대학, 공동학위제, 대학통합네트워크' 등의 주장을 한 적이 있어 일부 언론에서 이를 ‘서울대 폐지론’으로 오해하거나 확대하여 해석한 것으로 보인다”라고 설명했다.
인수위는 또 “이런 대학개혁안 또한 서울대의 무조건적인 폐지를 주장하는 게 아니라 서울대를 대학원 중심대학으로 전환하는 등 다양한 방안을 검토한 것”이라며 “조 당선인이 교수 시절에 행한 글이나 발언을 지금 서울시교육감으로서 교육 행정을 맡아야 하는 당선인의 입장이나 주장으로 동일시하여 보도하지 말아달라”고 당부했다.
인수위측은 “초·중등교육의 정상화를 위해서는 중장기적으로 대학 학벌이나 대학 체제의 변화가 필요하다는 공감대가 전국 시·도교육감 사이에 존재하고 또 이런 공감대가 공통공약에도 나타난 바 있지만 현재로서는 구체적인 계획이나 정책내용이 확정돼 있지 않다는 점을 말씀드린다”며 “더구나 대학체제 개혁은 중앙정부나 교육부 소관으로 교육감의 입장에서는 초·중등교육의 정상화를 위한 충정에서 국민에게 호소하고 중앙정부 및 교육부에 의견을 제시하는 성격을 가질 것”이라고 덧붙였다.