문 후보자는 휴일인 이날 인사청문회 준비단 사무실이 있는 서울 정부청사 창성동 별관 사무실 앞에서 입장을 발표하고, 지난 2005년 3월 중앙일보에 쓴 칼럼과 지난 4월 서울대 강의에서 우리 힘으로 위안부 할머니들을 감쌀 수 있어 일본으로부터 사과를 받지 않아도 된다는 취지의 발언을 한데 대해 이같이 사과했다.
문 후보자는 "진정한 사과라면 우리의 마음을 풀 수 있을텐데, 그러면 양국이 앞으로 같이 나아갈 수 있을텐데 하는 안타까운 마음에서 쓴 글"이라며 "그런 의미에서 진실한 사과가 되지 않고 금전적 배상에 치우친 것 같은 협상에 대해 지적한 것"이라고 해명했다.
문 후보자는 또 "전체 강연 내용 보시면 아시겠지만 우리민족에게는 시련과 함께 늘 기회가 있었다는 취지의 강연을 한 것"이라며 "일본 식민지배와 남북분단이 하나님의 뜻이란 발언도 이것이 일반 역사인식이 아니라 교회 안에서 같은 믿음을 가진 사람들과 나눈 역사의 종교적 인식"이라고 말했다.
문 후보자는 아울러 "지금 우리 앞에 놓인 명제는 조국 통일이다. 통일도 이뤄질 것을 믿기에 이 분단의 상황은 아프지만 견딜 수 밖에 없다는 취지의 말이었다"고 거듭 해명했다.
그는 또 "타락하고 부패하는 역사의 사이클을 막기 위한, 도덕과 개혁의 나라가 되어야 한다. 특히 기독교인들에게 책임이 있다는 말을 한 것"이라고 설명했다.
문 후보자는 또 "김대중 전 대통령 관련 칼럼은 시중에 회자된 비자금 문제나 해외재산 도피 의혹에 대한 것인데 당시 김 전 대통령의 병세가 위중한 상황이어서 가족들과 그분을 사랑하는 모든 분들께 몹시 서운한 감정을 갖게 한 것은 사실"이라고 말했다.
그는 "지금 문제가 되고 있는 것들은 모두 언론인 시절 언론인으로서 한 일이었다"며 "제가 이제 공직을 맡게 된다면 그에 맞는 역할과 몸가짐을 해야 한다고 믿는다. 저의 진심을 여러분들께서 알아주시기 간절히 바라겠다"고 말했다.