청라역 개통에 따라 일반열차(모든 역 정차)의 서울역∼인천공항역 소요시간이 56분으로 기존보다 3분 증가되고 서울역∼검암역 구간 열차운행 평균 간격이 6분에서 7.5분으로 조정되나,출근시간대 승객의 이용편의를 위해 검암역→서울역 상행열차는 출근시간대(검암역 기준 07:29∼08:29)에 한해 기존과 동일한 6분 간격으로 운행된다.
공항철도 일반열차는 서울역∼인천공항역, 서울역∼검암역 운행 등 두 종류가 있으며, 서울역∼인천공항역 운행열차 간격은 현행과 같은 평균 12분대로 유지된다.
직통열차(서울역∼인천공항역 논스톱 운행)는 현재와 같은 30분 간격에 소요시간이 43분으로 동일하나, 출·퇴근 시간대에 한해 일반열차의 원활한 운행을 위하여 운행 간격이 40분으로 일부 변경되며, 막차 시간도 5월 29일부터 서울역 출발은 22시 20분, 인천공항역 출발은 21시 50분으로 각각 조정된다.
일반열차의 서울역 기준 인천공항행 막차는 23시 38분으로 동일하며(검암행 24시 00분), 인천공항역 기준 서울행 막차는 23시 42분(DMC행 23시 57분)으로 조정되는 등 역별 막차 시간도 일부 변경된다.
한편 주말 및 공휴일(추석연휴 제외)에 운행되는 서해바다열차도 5월 31일부터 용유임시역 방면(하행) 10회, 서울역 방면(상행) 10회 등 하루 총 20회 운영되어 운행횟수가 기존보다 2회 줄어들고 각 역별 운행시간표도 변경된다.
공항철도측은 “청라역 개통으로 정차역이 1개 추가됨에 따라 전체적인 운행시간을 조정하게 됐다”며 “일반열차와 직통열차는 물론 서해바다열차 운행시간까지 변경되는만큼 이용에 불편이 없도록 사전에 역사 게시판과 홈페이지 등을 통해 변경 시간표를 확인하시길 당부드린다”고 말했다.