올해까지만 적용되는 지주회사 설립·전환 과세특례가 3년 더 연장됐다. 자회사 배당금의 일정 비율을 과세소득에서 제외하는 익금불산입제도는 지주회사의 자회사에 대한 지분율 확대를 유도하도록 개정됐다. 또 공익법인에 대한 사익편취를 막기 위한 과세 범위도 보다 세분화됐다.

정부는 30일 지주회사 세제 등 이 같은 내용이 담긴 '2018년 세법개정안'을 발표했다. 

우선 오는 12월 31일까지 적용되는 지주사 전환 과세이연 혜택이 2021년 12월 31일까지 연장됐다. 이렇다 보니 지주회사 설립·전환 시 주식 현물을 출자할 때 과세특례가 적용돼 현물출자로 취득한 주식을 처분할 때 세금이 면제된다.

외환위기 이후 기업구조조정 촉진과 소유지배구조 투명성을 높이기 위해 도입한 제도이지만, 최근 △총수일가의 지배력 확대 △사익편취 등에 악용된다는 지적이 있었다. 다만 정부는 지주회사를 기업조직의 한 형태로 인정하는 것으로 해석, 지주회사 설립과 전환을 지원한다는 게 정부의 개정 이유이다.

지주사 전환 과세이연 혜택은 유지됐지만, 정부는 내년부터는 지주회사의 수입배당금에 대한 익금불산입률을 차등화할 방침이다. 과세소득에서 제외되는 비율을 뜻하는 '익금불산입률'을 세분화했다. 

현행 익금불산입률이 30%·80%·100%로 차등 평가됐지만, 개정안에서는 30%·80%·90%·100%로 쪼개졌다. 상장 자회사 지분율 30~40% 구간의 익금불산입률이 조정된 셈이다. 이를 통해 지주회사의 자회사에 대한 지분율 확대를 유도한다는 게 정부의 복안이다.

공익법인에 대한 사후관리도 강화된다. 정부는 공익법인의 출연 받은 재산 등에 대한 증여세 과세 대상에 원본으로 취득한 재산, 출연 받은 재산의 매각대금도 포함했다.

이를 통해 공익법인이 출연 받은 재산 등을 특수관계자가 사용하거나 수익을 낼 경우, 증여세가 과세되는 범위가 명확해진다.

또 공익법인 공시 대상 서류에 회계감사보고서도 추가, 공입법인 운영의 투명성도 높인다. 지난해 또는 올해 연간 수입금액이 5억원 미만인 공익법인은 2019년 6월 30일까지 전용계좌 신고시 가산세가 면제된다.

이를 통해 정부는 전용계좌를 신고하지 않은 소규모 공익법인에 시정 기회를 부여한다. 정부는 내년 1월 1일 이후 전용계좌 신고 분부터 적용할 예정이다.

정부 관계자는 "지주회사 설립·전환 과세특례가 3년 더 연장된 만큼, 이후 상황은 공정위와 논의할 것"이라며 "총수일가의 사익편취 등 행위를 막고 투명한 기업 운영을 유도하기 위해 촘촘한 과세 법안을 마련해 갈 것"이라고 말했다.