정부가 추진하는 상장기업에 투자한 외국인에 대한 과세 범위 강화 방안을 둘러싼 논란이 커지고 있다.

정부의 ‘2017년 세법개정 후속 시행령 개정안’의 핵심은 상장주식 매각 차익에 대한 양도세를 내야 하는 외국인 대주주 범위를 5% 이상으로 강화하는 것이다. 현행 기준은 상장주식 25% 이상 보유자다. 정부안은 오는 29일 입법예고 및 국무회의, 차관회의를 거쳐 오는 7월 중 적용할 예정이다.

28일 금융투자업계에 따르면 금융투자협회는 주무부처인 기획재정부에 세법 시행령 개정안 철회 의견을 제출했다. 외국인 대주주 과세 강화로 ‘셀 코리아’가 확산할 수 있다는 우려에서다. 정부의 코스닥 활성화 정책과 정면 배치한다는 불만도 팽배하다.

전 세계 기관투자자에 벤치마크 지수를 제공하는 ‘모건스탠리캐피털인터내셔널’(MSCI)도 최근 정부의 세법 시행령 개정안 시행 이후 MSCI 신흥국 지수 내 한국 비중에 부정적 영향을 초래할 것이라고 경고했다.

이에 대해 정부는 그간 “세법 시행령 개정은 조약이 체결되지 않은 일부 국가에 관한 것으로, 영향이 제한적”이라고 반박했다. 실제 한국과 조세 조약 체결 국가는 해당 법인에서 제외한다. 1월 기준 이 기준을 충족하는 국가는 93개국이다.

하지만 금융투자업계의 우려는 크다. 증권사가 개별 외국인 투자자의 지분 보유 여부를 파악하기 쉽지 않은 데다, 정부 방침이 한국 증시에 찬물을 끼얹을 수 있다는 것이다.

이재선 KTB투자증권 연구원은 보고서에서 “금융감독원에 등록된 외국인 투자자 중 41%는 펀드형으로 주식을 보유하고 있다”며 “개별 외국계 증권사가 펀드에 투자한 개별 외국인 투자자의 양도세액을 파악할 수 있는 시스템이 부재하다”고 말했다.

송승연 한국투자증권 연구원은 “MSCI 지수 내 한국의 비중은 약 15.4% 중국에 이은 2위”라며 “지수 내 한국 비중이 작아진다는 것은 한국 시장의 외국인 자금 상당 부분이 유출할 수 있다는 의미”라고 밝혔다.