'프로듀스' 제작진은 시청자 투표 전 최종 순위를 미리 정해 합격자와 탈락자를 뒤바뀌게 하는 등 투표 결과를 조작했고, 이를 시청자 투표 결과인 것처럼 방송했다. 방심위는 이 프로그램을 '전대미문의 조작방송'으로 규정하면서 "시청자를 기만했을 뿐 아니라 오디션 참가자들의 노력을 헛되이 한 점은 중대한 문제"라고 밝혔다.
방심위에 따르면 시즌 1의 경우 1차 투표 결과 외에 4차 투표 결과도 조작됐음을 추가로 확인했다. 이어 “시청자 참여 투표만으로 그룹의 최종 멤버가 결정되는 것을 프로그램 특징으로 내세워 유료 문자 투표를 독려하면서, 투표 결과를 조작해 시청자를 기만하고 공정한 여론 수렴을 방해했을 뿐 아니라 오디션 참가자들의 노력을 헛되이 한 점은 중대한 문제”라고 설명했다.
또한 '프로듀스 101' 시리즈 메인 제작진인 안준영 PD, 김용범 CP 등의 사기 혐의 관련 1심 재판에서 안준영 PD는 징역 2년에 추징금 3600여 만 원, 김용범 CP는 징역 1년 8개월을 각각 선고 받았으나 현재 항소한 상태다.
관련 전문가들은 "CJ ENM과 방송국에 대한 대중의 신뢰도 상실은 단순히 한 CJ ENM이라는 방송국을 향한 신뢰도 상실로 끝나는 것이 아니다"며 "대중들의 분노, 해외에서의 무너진 신뢰도 등은 다시 쌓아올리기 어렵다. 무너진 이미지를 바로 세우기 위해서라도 단순히 방송국 차원의 과징금으로 끝날 것이 아니라 방송 관계자들이 받아야 하는 엄중한 처벌이 더욱 중요하다"고 지적했다.