[조세특례제한법, 기업 혜택 어디까지①] 연구개발비로 세금 감면 받다가 토해내는 기업 속출

[사진은 기사내용과 무관함. 사진 제공=LG화학 제공.]

연구개발 등을 이유로 세액공제를 받아왔던 기업들이 국세청의 처분과 법원 판결에 따라 세금을 토해내고 있다.  이 때문에 그동안 관련 규정에 대한 이해부족과 절세를 가장한 편법 및 꼼수 등으로 세금 혜택을 받아온 기업들이 비상이 걸렸다.

조세제한특례법 일부조항은 연구개발 등의 업종에 대해 소득에 대한 소득세와 법인세에 감면비율을 곱해 계산한 세액상당액을 감면해주고 있다. 같은 법 7조에서도 중소기업 가운데 연구개발뿐만 아니라 축산업, 제조업, 방송업, 전기통신업 등의 업종을 대상으로 세액 상당액의 상당부분을 감면해주고 있다.

또 9조에 따르면 과학적·기술적 진전을 이루기 위한 활동 등을 연구개발로 보며, 이에 사용된 금액은 세액 공제 대상이다.

LG화학 역시 이 조항에 따라 2009년부터 2013년까지 100억원에 해당하는 법인세를 공제받았다. 산하 연구소인 테크센어 소속 연구원들의 인건비를 연구개발 세액공제 대상으로 신고했던 것이다. 그러나 국세청은 2014년 세무조사를 통해 연구원들이 사용한 출장비와 통신비, 접대비 등이 세액공제 대상이 되는 R&D 활동으로 볼 수 없다며, 감면한 법인세를 부과하라고 명령했다.

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이후 LG화학이 영등포세무서장을 상대로 제기한 법인세부과처분등 취소소송에서도 법원은 1심과 2심 모두 원고 패소 판결했다. 법원은 세액공제 금액을 연구개발 목적으로 보기 힘들다고 판단한 것이다. 이에 LG화학은 상소심을 제기하지 않은 것으로 확인됐다.

또 지난달 의류업체 A사가 국세청을 상대로 제기한 법인세부과처분 취소소송에서도 법원은 국세청의 손을 들어줬다.

A사는 구 조세특례제한법 10조와 시행령 8조 등에 따라 지난 2013년 직원 인건비와 재료비 일부에 대한 세액공제를 적용해 법인세를 신고 및 납부한 것으로 드러났다. 해당 조항에 따르면 연구 및 인력개발비로 지출하는 금액에 대해서는 소득세액이나 법인세액을 공제하지만 일반적인 관리 및 지원활동과 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험 등은 포함되지 않는다고 명시돼 있다.

국세청은 A사가 연구개발 명목으로 신고한 금액을 고유디자인 개발을 위한 비용이 아니라고 판단해 법인세를 다시 부과했다. A사는 이에 “정부로부터 인정받은 연구개발 전담부서를 운영하면서 이 사건 쟁점 금액을 지출했는데 국세청이 이를 부인하는 것은 정부 부처의 권한을 침해하는 것”이라며 “인건비 세액공제를 받은 직원들은 특허를 받은 기술을 개발했다”고 주장했다.

그러나 인천지방법원은 “고유디자인의 개발은 조세제한특례법 등에 따라 연구 개발 등에 포함되지만 위탁받아 수행한 연구활동은 연구개발에 포함되지 않는다”며 “원고가 제출한 증거만으로는 원고 작업이 세액공제 요건에 해당한다는 점이 충분히 입증되지 않았다”고 판시했다.

법인세 부과처분에 불복해 소송을 제기한 업체 이외에도 많은 업체들이 세금 혜택을 받은 이후 다시 법인세를 내야 하는 대상에 해당됐다.

국세청 관계자는 “연구 개발 등을 이유로 세금 혜택을 받고도 다시 세무조사로 반납하는 회사들이 상당하지만 별도로 통계를 내고 있지 않아 수치는 정확하게 모르고 있는 상황”이라면서도 “다수 기업들이 세금혜택을 받았던게 고의였는지 모르고 신청했는지는 확인되지 않고 있다”고 밝혔다.