검찰은 29일 전주지법 제1형사부 심리로 열린 항소심 결심공판에서 "피고인은 위법·부당한 지시를 통해 교육부의 정당한 감사를 방해하고 일선 교육현장에도 큰 혼란을 야기했다"며 원심과 같은 징역 10개월을 구형했다.
변호인은 "피고인은 교육의 수장이자 헌법학자로서 양심에 따라 판단했다"며 "또 학교장과 해당 공무원에게 협조를 요청했을 뿐 강제성은 없었다"고 무죄를 주장했다.
김 교육감은 최후변론을 통해 "감사의 형식만 띠면 정당성 여부에 상관없이 무조건 수용해야 한다는 것은 합당하지 않다고 생각한다. 교육부 감사를 나올 당시 학생부 기재 업무가 위임사무인지 자치사무인지 명확한 규정이 없었다"고 항변했다.