식품의약품안전청이 식품의약품안전처로 승격되기 전에는 같은 회사 제품일지라도 고기 함량이 50%가 넘으면 축산물가공처리법을 적용받아 농식품부, 그 이하 제품은 식품위생법에 따라 식약청이 관리해왔다. 아이스크림도 우유 비중에 따라 관리부서가 달랐고, 주류 관리는 국세청에서 맡았다. 식품 안전관리 업무가 대체로 농식품부와 식약청으로 이원화돼 농산물·축산물·수산물·가공식품 등 식품 유형과 생산·유통·수입·가공·판매 등 단계에 따라 관할이 복잡하게 나뉘어 있었던 것이다.
2013년에야 식약청이 식약처로 승격되면서 농림축산식품부, 국세청이 담당하던 육가공·아이스크림, 주류 관리가 모두 이관돼 식품·의약품 분야의 '컨트롤 타워' 역할을 하고 있다.
하지만 여전히 현재 우리나라 식품행정은 식품의약품안전처를 포함해 농림축산식품부, 행정자치부, 보건복지부, 교육부, 해양수산부, 환경부 등의 부처로 분산돼 있다.
이 때문에 식품 관리 주체가 일원화돼야 한다는 주장이 끊임없이 제기되고 있다.
이미 선진국은 체계적이고 효율적인 식품행정으로 국민의 식탁을 안전하게 지켜 나가고 있다. 독일은 연방 보건부와 식품농림부에서 각각 맡아온 식품안전 행정을 2002년 연방 소비자보호식품농업부로 단일화했다. 일본은 농수성과 후생성이 각각 농장 단계와 그 이후 단계를 나눠 관리했으나 광우병 파동이 일어나자 2003년 식품안전위원회를 설립, 위해평가 기능을 통합했다.
업계 관계자는 "'농장에서 식탁까지(Farm to table)'라는 슬로건은 세계무역기구(WTO)와 국제연합 식량농업기구(FAO)의 권고사항이지만 아직 우리나라에서는 먼 나라 이야기"라며 "소비자 혼란을 줄이기 위해서라도 식품 안전 관리를 같은 규제를 받는 법률과 하나의 기관으로 일원화해야 할 것"이라고 말했다.