전교조는 21일 판결에 대해 노조법 시행령 제9조 제2항을 악용하는 정부에게 사법부가 면죄부를 준 꼴이라며 민주화 이후 사라진 군사정권 시절의 유물인 노조해산명령권을 되살리려고 모법 상 근거도 없는 시행령을 활용하는 정부를 사법부가 또다시 편들었다고 비판했다.
전교조는 극소수 해직교사 조합원이 6만 규모 교원노조의 자주성을 위협한다는 것은 궤변으로 노동탄압에 지나지 않는다고 지적하기도 했다.
전교조는 또 조합원 자격은 노조가 스스로 정할 문제로 해고자 조합원 인정은 국제 기준이며 교원노조에 해직 교사가 조합원으로 있다고 법외 통보하는 국가는 아프리카의 마다가스카르와 우리나라뿐이라고 반발하기도 했다.
전교조는 판결에 대해 항소할 계획으로 대법원에서 법외노조 통보에 대해 최종 결정이 이뤄질 것으로 예상된다.