영농폐기물은 개인과 마을, 단체별로 공동 집하장이나 마을단위 수거거점에 배출한 뒤 한국환경공단을 통해 재활용 처리하게 된다.
세종시는 영농폐기물 수거율을 높이기 위해 폐비닐의 경우 수거보상 등급을 4등급으로 세분화하여 A등급(110원/kg), B등급(90원/kg), C등급(50원/kg) 및 미수거 대상인 D등급으로 구분해 수거보상금을 지급하고 있다.
농약 빈 병(유리 150원/kg, 플라스틱 800원/kg) 및 농약봉지(2,760원/kg) 수거보상금은 한국환경공단에서 지급한다.