과채류를 같은 장소에서 이어 짓기할 경우 병해충 발생, 각종 생리장해 등 연작장해가 증가하게 되어, 이를 방지하기 위해서는 여름철 휴식기에 철저한 소독작업을 하는 것이 농산물 품질향상에 도움이 된다.
토양 소독방법은 크게 두 가지가 있으며, 화학적 방법에 의한 토양소독방법과 친환경적방법에 의한 토양소독방법이다.
화학적 토양소독 방법은 토양을 경운하여 고른 뒤 소독약제(다조메입제)를 살포하여 깊이 15~25cm로 갈아 혼합하고, 비닐로 피복한 후 7~14일 후 비닐피복을 제거하여 2~3일 간격으로 2회 이상 경운하여 유해가스를 날려 보낸다.
친환경적방법에 의한 토양소독 중에는 가장 널리 이용되고 있는 태양열 소독과 녹비작물 재배방법이 있다.
태양열 소독법은 장마가 지난 7~8월에 병 발생이 심했던 포장에 볏짚을 잘게 썰어 넣고, 깊이 20cm정도로 경운을 한 후 적당한 거리로 이랑을 만들어 투명플라스틱 필름으로 피복을 한 후 물을 가두어 두며, 이때 태양열을 많이 받을 수 있도록 필름이 찢어지지 않게 해야 한다.
태양열 소독은 마늘 흑색썩음균핵병을 50% 줄일 수 있고 수량은 약 86%까지 증가 시킬 수 있다.
녹비작물 재배에 의한 토양소독법은 연작으로 시설 내 토양 염류농도가 높아졌을 때 헤어리베치, 완두콩, 보리, 호밀, 콩, 수수 등을 재배하면 토양 내 염류농도와 병해충 밀도를 낮출 수 있다.
또한, 산성토양을 중화시킬 수 있어 웃거름을 30%적게 사용해도 되는 이점이 있다.
수경재배 시설하우스의 급액장치 소독은 물에 질산을 첨가하여 강산성수로 만든 후 급액장치에 흘려보내 벽에 낀 염류와 병원균의 잔류물을 씻어내고, 급액장치는 다시 수산화나트륨 등 알칼리 용액으로 중화시켜 다음에 재배하는 작물의 장해 발생을 방지해야 한다.
임석동 농업기술원 지도사는 "여름철 시설하우스 소독이 농산물 품질과 수량에 직접적인 영향을 미치기 때문에 작물 수확이 끝나는 대로 가능한 알맞은 방법을 선택하여 온실 소독을 해 주는 것이 좋다"고 당부했다.