보통 6월 중순에 수확하는 중만생종 양파는 다음해 3~4월까지 저장을 한다. 저장 중 양파의 부패나 무게가 줄어들어 손실되는 양은 10~20% 정도이지만, 재배관리나 수확 전‧후 관리를 어떻게 하느냐에 따라서 많게는 70%까지 손실이 발생하기도 한다.
농업기술원은 양파 수확기에 접어 든 요즘, 수확시기가 양파 품질을 결정짓는 중요한 요인이라는 점을 강조하면서 농가별 적기수확에 만전을 기해 줄 것을 당부하고 있다.
먼저 저장 품질을 올리기 위해서는 양파 잎이 완전히 넘어진 후에 잎이 30~50% 정도 건조된 후에 수확하는 것이 좋다.
또한, 양파 잎에 노균병과 잎마름병이 발생한 밭에서도 잎이 빨리 마르고 뿌리도 손상된 경우가 많아서 양파 구가 토양 속에 있는 병해충에 감염되기 때문에 수확이 늦어질수록 부패도 많아지고, 양파의 품질이 떨어지므로 수확을 빨리 하는 것이 좋다.
올해 6월은 흐린 날은 많아도 강수량은 예년보다 적을 것으로 예보하고 있기 때문에 양파 잎이 아직 싱싱하여 푸른색을 띠고 있는 양파는 너무 서둘러서 수확할 필요는 없다.
그리고 수확에 앞서 양파 목 부분을 자랄 때는 줄기를 5~7cm 정도 남겨야 자른 부위로 병원균이 침입하는 것을 막을 수 있다.
일반 농가에서는 양파를 수확할 때 낫으로 잎을 자르고 뽑게 되는데, 그렇게 하면 양파 목 줄기가 짧아질 수 있다. 목 길이가 짧은 양파를 오랫동안 저장하게 되면 목 부위에 잿빛곰팡이병이나 세균병이 많이 발생하여 부패가 많아진다.
따라서 낫으로 잎을 절단하더라도 줄기를 최소한 5cm 이상으로 남겨서 자르도록 주의해야 한다. 또한 가능하면 수확 할 때 날씨 예보에 귀 기울여서 뽑은 양파를 밭에서 1~2일 정도 건조시키는 것이 좋다. 좋은 날씨에 이틀 정도 건조시키면 잘린 부위가 마르게 되어 양파가 잘 썩지 않고 오랫동안 보관이 가능하다는 이유에서이다.