시교육청은 출범 후 처음으로 세종시경찰서와 학교폭력 근절을 위한 협약을 체결한데 이어 2012년에만 30개 기관과 업무 협약을 맺었다. 특히, 2013년에는 마이크로소프트 본사와 스마트교육 및 교육정보화 사업 협력을 위한 교류를 비롯해 58개 기관과 협약을 체결했다.
아울러 시 교육청은 학생중심의 새로운 교육비전을 설정한 지난해에는 학생들의 진로직업체험 활성화를 위해 지역 법원들과 상호협력하기로 하는 등 21개 기관 및 단체와 협약이 이루어졌다.
협약 대상도 다양하다. 학생들의 국제적 소양을 기르기 위해 미국・중국・미얀마 등의 해외 교육기관과 협약이 이루어지는가 하면 인근 대학교, 병원, 언론사 등도 학생들의 꿈과 끼를 키우는데 돕기로 했다.