교육부는 학교법인 상지학원 이사들이 학교법인 상지학원 정관상 설립당초 임원을 변경한 것에 대해서도 정관변경 시정을 요구했다.
학교법인 상지학원 이사들이 4일 이사회를 열고 김문기 총장 등이 상지학원 설립당초 임원이 될 수 없음을 알면서도 고의로 설립당초 임원을 김문기 등 8명으로 변경했지만 이는 대법원 판례 및 사립학교법 제10조 제2항의 규정을 위배하는 사항으로 정관 규정을 본래대로 되돌리도록 교육부는 시정을 요구했다.
교육부는 지난 9월 18일 상지대학교와 법인에 대해 대학운영 정상화 방안 제출을 요구하고 지난달 10일 제출한 정상화 방안에 대해 지난달 13일 구체적 추진계획을 제출하도록 하는 등 상지대학교의 정상화를 위해 지속적으로 노력해 왔다고 밝혔다.
또 김문기 총장 복귀를 반대하며 학생들이 지난달 27일부터 31일까지 수업을 거부하면서 교원 및 학생들의 농성이 진행 중인데도 교육부와 외부요인을 상지대 분규발생의 원인이라고 주장하면서 구체적 정상화 추진계획 요구를 사학운영 자율권을 박탈하고 도의적으로 용인될 수 없는 일이라고 주장하는 등 대학운영 정상화를 위한 의지가 보이지 않아 관할청의 조치가 불가피하다고 판단했다고 교육부는 설명했다.