에볼라 바이러스는 애초에 야생박쥐의 일종인 과일박쥐 몸속에서 서식하기 시작했다. 과일박쥐는 아프리카 지역 주민들이 즐겨 먹는 식량인데, 과일·꽃가루·꽃에서 나오는 꿀 등을 먹어 과일박쥐라는 이름이 붙었다고 한다.
서아프리카 주민들은 오늘날에도 과일박쥐·원숭이 같은 야생동물을 날것 그대로 먹는 습관이 있다. 에볼라는 결국 과일박쥐를 즐겨 먹는 열대우림 지역 주민들 때문에 삽시간에 서아프리카로 퍼질 수 있었다.
과일박쥐를 먹은 고릴라·침팬지·호저로부터 사람이 에볼라에 2차 감염되는 것도 가능하다.