이용욱 국장은 지난 1991부터 1997년까지 세모그룹 조선사업부에서 근무하고 기독교복음침례회(이하 구원파)에서 신앙생활을 한 이력을 갖고 있다. 이러한 이유로 이 국장이 세월호 사건 수사에 부적절한 영향력을 미칠 수 있다는 의혹이 일었다.
구원파 신도였던 과거 이력과 함께 세모그룹에서 7년간 근무했던 사실이 알려지자 이 국장은 1일 "구원파와는 10여 년 전부터 연락을 끊었다"고 해명했지만 그가 1997년 써낸 선박구조를 주제로 한 박사학위 논문 뒷 부분에 '면학 계기를 만들어 준 세모 유병언 회장에 감사한다'는 글귀가 적혀있어 일각에서는 학비 등을 지원받은 게 아니냐는 의혹을 제기하고 있다. 하지만 이 국장은 당시 세모그룹에 다니던 때여서 그렇게 썼을 뿐 학비는 자신이 지불했다고 밝혔다. 결국 이 국장은 경질됐다.
하지만 그를 둘러싼 의혹과 논란은 끊이지 않고 있다. 해경이 사고 당일 이준석 선장을 병원에서 퇴원시켜 조사한 뒤 목포 해경 형사의 아파트에서 쉬게 한 것 역시 지적되고 있다. 이 국장이 수사 지휘를 하던 순간에 해경이 세월호 책임자를 감싸는 듯한 모습을 보였다는 것.