재판부는 ”이른바 양심적 병역거부와 관련해 헌법재판소는 처벌규정이 합헌이라고 결정했고, 대법원 역시 유죄로 판결한 바 있다”고 전제한 뒤 “UN 자유권규약위원회가 제시한 권고안 또한 법률적 구속력은 없으므로 피고인의 상고이유 주장은 받아들일 수 없다”고 판시했다.
최 씨는 지난 해 9월 4일까지 입영하라는 통지서를 전달받고도 이를 거부해 병역법 위반으로 기소됐다. 1ㆍ2심은 피고인의 앙심의 자유가 병역의무보다 헌법적 법익상 우월한 가치라고 볼 수 없다며 유죄 판결했다.
대법원 전원합의체는 2004년 7월 양심적 병역거부에 대해 유죄를 확정했고 같은해 8월 헌재는 재판관 9명 중 7대 2 의견으로 병역법 88조 1항에 대해 합헌 결정을 내렸다.