협약서에서 두 기관은 △방사능 관련 정책 수립 및 안전기준 법률 제·개정 △식품·의약품·의료기기 및 화장품 등과 관련된 방사선 기술 개발 △방사능 내·외부 피폭 관련 기술 및 안전 관련 현안 문제 분야에서 공동 연구·인력 교류·연구 시설 및 장비 공동 활용 등의 방식으로 협력키로 했다.
한국원자력연구원과 식약청은 2003년부터 5년 간 식품 중 방사능 오염 실태 조사를 공동 수행했으며 2011년 후쿠시마 원전 사고 이후 방사능 오염에 대한 국민 불안이 높아짐에 따라 방사능 분석, 오염도 추세 평가 및 관련 규정 개정과 식품 방사능 관련 장비 운영 기술에 대한 업무 협의를 지속적으로 진행하고 있다.
또한 방사성 의약품의 특수성을 고려한 제조, 품질 검사 기준 마련을 통해 안전하고 합리적인 방사성 의약품 관련 제도 체계를 구축하는 데도 협력하고 있다.