국토해양부의 조사에 따르면 문제 여객기의 CVR(조종실음성기록장치)와 FDR(비행자료기록장치)를 분석한 결과, 조종사(기장, 부기장)가 이륙 전에 여압장치를 작동시키지 않아 발생하였다고 밝혔다.
이번 조사결과 조종사가 실수로 여압장치를 작동시키지는 않았으나, 이륙(09시17분) 약 6분 후 객실여압 미 작동을 인지하여 순항고도(26,000피트)로의 고도상승을 중지하고 안전한 비행고도(10,000피트)로 비행하여 심각한 피해는 발생하지 않은 것으로 나타났다.
이에 따라 국토해양부는 비정상상황 발생 후 조종사의 적절한 조치로 큰 피해는 발생하지 않았지만, 이륙 전에 반드시 수행해야 하는 작동절차를 소홀히 한 항공법규 위반 사항에 대하여는 항공사와 조종사를 대상으로 행정처분할 계획이라고 밝혔다.
항공법 규정에 따라 제주항공사에는 과징금(1천만원) 그리고 해당 조종사들에게는 항공업무 정지(1개월) 처분이 내려진다.
한편, 국토해양부는 앞으로 이러한 유사사례가 발생하지 않도록 전 항공사에게 조종사를 대상으로 항공기 이륙 전 작동절차에 대한 훈련을 강화 하도록 지시했으며 비행 전,후 항공법규 준수실태 등을 철저히 감독할 계획이라고 밝혔다.