농림수산검역검사본부는 본부(5부 29과), 지역검역검사소(6), 사무소(30)로 구성된다.
검역검사본부는 3개 기관(수의과학검역원, 식물검역원, 수산물품질검사원)으로 나눠져 있던 동물·축산물, 식물 및 수산물의 검역·검사 기능을 통합해 시너지 효과를 높이는 동시에 가축전염병 방역정책을 효과적으로 추진하기로 했다.
이날 출범식에는 서규용 농림수산식품부 장관을 비롯, 유관기관·협회·단체장 등 100여명이 참석하고 경과보고, 유공자 표창, 현판제막, 기념식수 등의 순으로 진행된다.