국민은행은 지난 2007년 2월7일부터 4월19일(조사일수 50일)까지 국세청 정기세무조사를 통해 5월과 7월 두 차례에 걸쳐 법인세와 교육세 등의 명목으로 총 4131억9396만원(가산세 포함)을 추징당했다.
하지만 국민은행은 국세청의 이 같은 과세조치에 불복, 2007년 8월 서울행정법원에 심판청구서(사건번호 2010구합26056)를 제출하고, 내달 4일 법원의 판결을 기다리고 있다.
국민은행이 최근 금융감독원 전자공시시스템에 공시한 자료에 따르면 국민은행은 지난 2007년 8월13일 서울행정법원에 심판청구서를 최초 제출한 이후 2010년 3월 주은산업 및 유동화전문회사(SPC) 부당행위 건에 대해서는 인용 결정을, KB자산운용과 관련해서는 기각을 얻어 냈다.
이어 국민은행은 지난 해 6월21일 법인세 등 과세표준 및 추징세액과 관련(사건번호 2010구합26056)해 서울행정법원에 소송을 제기한 것으로 나타났다.
한편 국민은행은 지난 2007년 7월 국세청이 추가납부토록 한 법인세는 대부분 2003년 9월 국민카드 합병 당시 적립한 대손충당금을 법인세법상 손금으로 인정되지 않는 비용으로 간주해 과세한 것으로 판단, 소송을 제기한 것으로 알려졌다.