서정진 셀트리온 회장이 납부한 증여세 132억원을 환급해 달라며 제기한 소송에서 최종 패소했다. 반면 셀트리온 계열사인 셀트리온제약은 100억원대 법인세 불복 소송에서 최종 승소했다.
 
법조계는 추정 과세가 가능한 상속·증여세법 특수성이 서 회장 패소에 영향을 미쳤다는 분석이다. 다만 법인세 소송은 관세당국에서 무리하게 과세했다는 점이 법원에서 인정된 것이 판결에 유리하게 작용했다고 봤다.
 
대법원 2부(주심 민유숙 대법관)는 10일 서 회장이 인천 연수세무서장을 상대로 제기한 증여세 경정 거부처분 취소 소송에 대해 원고 패소 판결한 원심을 확정했다.
 
서 회장은 셀트리온과 셀트리온헬스케어 간 거래로 발생한 이익 중 2012년 납부한 귀속 증여세 116억7000만여원, 2013년 납부한 귀속 증여세 15억4000만여원 등을 돌려 달라며 행정소송을 제기했다.

현행 상속세와 증여세법에 따르면 특수관계법인과 수혜법인 간에 일정 비율(30%)을 초과하는 거래가 있으면 수혜 법인 지배주주 등이 세후 영업이익 일부를 증여받은 것으로 보고 증여세를 부과한다. 셀트리온 매출 가운데 셀트리온헬스케어에 대한 매출이 차지하는 비율은 2012년 94.57%, 2013년 98.65%였다.
 
서 회장은 자신이 지배주주에 해당하지 않아 납부의무가 없었다고 주장하고 당시 납부한 증여세 132억원을 돌려 달라고 청구했다가 이를 거부당하자 행정소송을 냈다. 서 회장은 소송 내내 "특수관계법인과 수혜 법인 간 거래가 일정 비율을 초과하기만 하면 예외 없이 증여세를 부과하도록 하는 것은 과세요건 명확주의와 실질적 조세법률주의에 어긋난다"고 항변했다.
 
그러나 법원은 서 회장 주장을 받아들이지 않았다. 1심은 문제가 된 법률 조항이 실질적인 조세법률주의에 어긋난다고 볼 수 없다고 봤고 이어 2심과 3심도 같은 견해를 유지했다.
 
반면 셀트리온제약은 역삼세무서를 상대로 제기한 법인세 100억원 부과 처분 불복 소송에서는 최종 승소했다.

대법원 2부는 해당 법인세 부과 처분 취소 상고심에서 원고 승소로 판결한 원심을 확정했다고 이날 밝혔다.
 
셀트리온제약은 2009년 한서제약 상장 시 기존 주주들에게 635억원가량 신주를 교부했다. 회사는 한서제약 순자산 353억원과 차액 281억여원을 '영업권'으로 회계장부에 계상했다. 과세당국은 영업권 281억원을 이익으로 산입해야 한다고 봤고 2015년 셀트리온제약에 법인세와 과소신고·불성실 납부에 따른 가산세 총 99억9000만여원을 부과했다.
 
하지만 법원은 1∼3심 모두 영업권으로 계상한 281억원을 법인세 과세 대상으로 보기 어렵다고 판단하고 과세당국 처분이 부당하다고 최종 판결했다.

서초동 조세 전문 변호사는 서 회장이 증여세 환급 소송에서 패소한 데 대해 "상속과 증여는 과세당국으로서는 과세하기 쉽지 않아 다른 조세 법률과 달리 추정을 통한 과세 처분이 가능한 특수성이 있다"며 "해당 조항에 대해 과세요건 명확주의와 실질적 조세법률주의로 항변하기는 쉽지 않았을 것"이라고 말했다.

셀트리온제약 법인세 승소에 대해서는 "세무당국이 향후 영업권 가치까지 고려해서 무리하게 과세를 한 점에서 기업 측 승소가 어느 정도 예견된 사안"이었다고 했다.