과세당국은 납세자의 알 권리와 방어권을 보장하기 위해 과세 근거를 구체적으로 적시해야 한다. 또 사립 초‧중‧고를 운영하는 법인의 중간예납 의무가 면제된다.

정부가 22일 세제발전심의위원회에서 확정한 '2020년 세법개정안'에 따르면, 세무조사 대상 과세기간이 중요 정보인 점을 고려해 세무조사 전 납세자에게 사전통지하는 항목에 세무조사 대상 과세기간을 추가한다.

세무조사 결과에 대한 납세자의 알 권리 및 방어권 보장을 위해 세무조사 결과통지 항목을 추가·명확하게 제시한다. 그동안 세무조사 대상에 세목, 과세기간, 과세 이유, 과세액, 불복 안내는 있었으나 이후에는 과세 이유 기재시 근거 법령을 제시토록 했다. 과세액 계산의 기초가 되는 구체적인 사실을 적시해야 하고 가산세 종류·금액·산출근거도 추가로 제시해야 한다.

수입자가 수입 부가가치세를 수정 신고할 때 수정수입세금계산서(매입세액공제를 받기 위한 증빙서류)를 발급받을 수 있는 사유도 확대한다. 수입자의 착오・경미한 과실・무귀책의 경우에만 발급이 허용됐었다. 개정안에 따르면, 관세법상 벌칙사유(가격조작죄 등)나 부당행위(자료 파기 등) 등의 경우를 제외하고 발급이 허용된다.

관세 불복절차의 투명성‧공정성 제고를 위해 관세 심사청구 결정기관을 합의체로 변경한다. 이에 관세청장에서 관세심사위원회로 주체가 바뀐다.

이달 1일부터 3일에서 2일로 단축된 사업자등록증 발급기한과 동일하게 사업자등록 정정 신청 처리기한도 신청일로부터 2일 이내로 단축한다.

학교법인의 납세 편의를 높이기 위해 중간예납 의무가 면제되는 대상에 사립대 법인뿐만 아니라 사립 초‧중‧고를 운영하는 법인도 추가한다.

소규모 법인의 납세협력 부담 완화를 위해 적격증빙 합계표 작성·보관 대상자 범위를 전년도 수입금액 20억원 이상에서 30억원 이상 법인으로 축소한다.

할당관세, FTA 협정관세를 적용받기 위해 납세자가 제출해야 하는 주무부처 장관 추천서의 제출기한도 기존 '수입신고 수리 전까지'에서 '수입신고 수리일로부터 15일 이내' 제출로 연장한다.

국민의 알 권리 보장, 조세정책 평가·연구 지원을 위해 국세청장이 소득세 표본자료를 공개할 수 있는 법적 근거도 마련한다. 납세자의 이해도‧가독성 제고를 위해 장‧절‧조문 등 편제 개편, 이해하기 어려운 용어의 순화‧정비 및 법령 위임체계를 보완한다.