#. A업체는 홍보·영업 업무를 겸직하는 연구원 B씨 등의 인건비에 대해 연구·인력개발비 세액공제 신고를 했다. 그런데 행정 업무를 보는 연구원의 인건비가 공제 대상인지 여부가 쟁점이 됐다. 해당 연구원은 연구와 관련이 없는 업무를 맡고 있는 데다, 한국산업기술진흥협회에 연구원으로 올라 있지 않았다. 이에 국세청은 이 연구원의 인건비를 과다공제액으로 판단하고, 추징했다.
  #. C업체는 한 연구기관과 공동 연구·개발을 진행하는 과정에서 발생한 안전·보건 관리 용역 비용을 세액공제 대상으로 보고 국세청에 신고했다. 하지만 국세청은 안전·보건 관리 용역 비용은 연구개발이 아닌 일반적인 관리·지원 활동에 해당한다며 공제 대상이 아니라고 판단했다.

국세청은 연구·인력개발비(R&D) 세액공제와 관련해 이러한 혼란을 줄이기 위해 올해부터 사전 심사 제도를 시행한다고 13일 밝혔다.

연구·인력개발비 세액공제는 과학적 진전, 새로운 서비스 개발, 임직원 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 다른 기관과 공동연구하면서 지출한 인건비, 재료비를 법인세(소득세)에서 차감하는 제도다. 기업 입장에서 조세 절감 효과가 크지만 세액공제 해당 여부나 공제 가능 금액에 대해 과세당국과 납세자 간 이견이 크다는 지적이 많았다.

이로 인해 세무조사에서 세액공제가 잘못된 것으로 확인될 경우 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함해 추징되는 사례가 발생했다.

국세청은 납세자가 신청하는 경우 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 도입했다. 이를 통해 불확실성과 가산세 부담을 낮추고, 기업이 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 지원한다는 방침이다.

내국법인과 거주자는 누구나 사전 심사를 신청할 수 있다. 이미 지출한 비용을 비롯해 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목에 대한 신청도 가능하다. 금액 제한은 없다.

국세청 법인세과 연구개발 세정지원 태스크포스(TF)팀이 신청한 연구·인력개발비를 기술·비용 측면에서 검토·심사한다. 연구·인력개발비는 '신성장동력·원천기술 연구개발비'와 '일반 연구·인력개발비'로 구분한다. 일반 연구·인력개발비보다 세제 혜택이 큰 신성장동력·원천기술 연구개발비에 대한 기술 검토는 한국산업기술진흥원이 별도로 한다.

심사는 서면으로 진행한다. 심사 담당자는 신청인에게 주요 검토 사항, 향후 진행 과정 등을 설명하고, 연구·인력개발비 세액공제에 대한 컨설팅을 제공할 예정이다.

심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영해 법인세를 신고할 경우 신고 내용 확인, 감면 사후 관리 대상에서 제외한다. 심사 이후 세무조사에서 다르게 과세 처분돼도 심사 대상 연도에 세금을 적게(과소) 신고한 경우 가산세가 면제한다.

국세청은 "사전 심사 신청 추이를 반영해 연구개발 세정지원 TF팀을 확대한 상설 조직으로 개편을 추진하고 연구·인력개발에 대한 전문 지식을 갖춘 이공계 전공자를 분야별로 확보해 신속한 사전 심사 서비스를 제공하겠다"고 밝혔다.