온라인 쇼핑몰 최고경영자(CEO)는 분쟁이나 불법행위 방지를 위해 지식재산(IP)과 법무, 세무·회계 업무를 미리 학습해야 한다. 

상표권은 상표권자만이 가진 등록 상표를 지정된 상품에 독점적으로 사용할 수 있는 권리를 뜻한다. 쇼핑몰 규모가 커지면 유사한 상표를 등록해 쇼핑몰을 개설하거나, 반대로 자신보다 먼저 유사한 상표를 등록해 쇼핑몰을 운영하는 경우도 있다. 이는 상표의 외관과 칭호, 관념, 상품 등 유사성을 판단기준으로 삼아 상표권 침해인지 아닌지를 판단할 수 있다. 상표권을 침해하면 상표법에 의해 법적인 처벌을 받을 수도 있다. 상표권을 침해당할 경우, 민·형사적 재판을 통해 상표권 침해에 대한 구제방안을 마련할 수 있다. 하지만 즉각적인 법적 조치를 취하는 것보다는 상대방과의 합의를 통해 원만히 해결해 나가는 것이 바람직하다. 온라인 쇼핑몰 운영자는 판매 상품과 관련해 쇼핑몰 상세 페이지나 소셜네트워크서비스(SNS) 계정을 통해 동영상이나 이미지를 활용하기도 한다. 상품 영상이나 사진을 직접 촬영할 수도 있지만, 음악과 이미지 등 다른 저작자가 만들어둔 콘텐츠를 활용하기도 한다. 이때 저작권자에게 사용 허락을 구해야 하는데, 만약 허락 없이 무단으로 사용하거나 저작물인지 인지하지 못할 경우 저작권을 침해하게 될 수도 있다. 타인의 저작물을 사용할 때는 항상 신중해야 한다.

세무와 법률과 관련해서도 문제 소지가 없는지 확인해야 한다. 부가가치세와 소득세 미신고, 납부 지연 등 납세 과정에서 뜻하지 않게 놓치는 부분이 생기면 가산세를 납부해야 한다. 제대로 인지만 하고 있다면 발생하지 않아도 될 일이기 때문에 사전에 잘 파악해 두는 것이 좋다. 현금영수증 발행 가맹점으로도 등록해야 한다. 소비자 상대 업종에 해당하는 온라인 쇼핑몰은 사업 개시일로부터 3개월 이내에 현금영수증 가맹점으로 가입해야 한다. 현금영수증 의무 교부 대상인지는 국세청을 통해 확인해 볼 수 있다.

아울러 온라인 쇼핑몰은 전자상거래 범주에 속하기 때문에 전자상거래 등에서의 소비자 보호에 관한 법률, 개인정보보호법, 전자서명법 등 전자상거래 관련 법률에 대해 미리 공부하면 운영에 도움이 된다.

권계영 카페24 창업컨설팅연구소장은 "원활한 쇼핑몰 운영은 고객에게 신뢰를 주는 것은 물론 장기적인 관점에서 긍정적인 브랜드 이미지를 만들어줄 수 있는 과정"이라며 "쇼핑몰 규모가 점차 커지면 고려해야 할 사항들이 많아지기 때문에 세무 등 전문 교육이나 컨설팅을 받아보는 것도 좋은 방법"이라고 말했다.