LG화학이 100억원대의 법인세 소송에서 연달아 패소해 세금을 돌려받기 어렵게 됐다. LG화학은 연구원 인건비가 연구개발 세액공제 대상이라고 주장했으나, 법원은 이를 연구개발 목적으로 보기 힘들다고 판단했다.

서울고등법원 행정1부(재판장 여상훈 부장판사)는 지난 9일 LG화학이 영등포세무서장을 상대로 제기한 법인세부과처분등 취소소송에서 1심과 같이 원고 패소 판결했다고 18일 밝혔다.

LG화학은 2009년부터 2013년까지 산하 연구소인 테크센터 소속 연구원들의 인건비를 연구개발(R&D) 세액공제 대상으로 신고하고 법인세 공제를 받아왔다. 테크센터가 해당기간 동안 공제받은 금액은 98억 1000만원이다. 구 조세특례제한법 9조에 따르면 과학적·기술적 진전을 이루기 위한 활동 등을 연구개발로 보며, 이에 사용된 금액은 세액 공제 대상이다. 

하지만 테크센터 연구원들은 영업부서 직원들과 함께 출장상담을 다니고, 고객들의 불만이나 불편사항 등을 처리하는 등 영업활동에도 참여했던 것으로 드러났다.

이에 과세관청은 2014년 세무조사를 통해 연구원들이 사용한 출장비와 통신비, 접대비 등이 세액공제 대상이 되는 R&D 활동으로 볼 수 없다며, 감면한 법인세를 부과하라고 명령했다.

LG화학은 “테크센터는 중간재산업인 석유화학산업 특성상 고객과의 협업이 필수적이라 분리 설립된 것일뿐”이라며 “업무내용은 LG화학 석유화학연구소와 마찬가지로 R&D 범위에 포함되는 것”이라고 주장했다.

이에 재판부는 “R&D는 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동 등으로 제한돼야 한다”며 “테크센터 연구원들이 고객의 요구사항에 따른 맞춤서비스를 제공하기 위해 영업부서 직원들과 함께 출장상담을 다니는 등의 업무는 대부분 연구 활동으로 보기 어렵다”고 판단했다.

또 LG화학 측은 과세관청이 신의성실의 원칙을 위반했다고도 주장했다. 그동안 테크센터와 같은 연구센터의 연구개발비 세액공제를 인정해오다가 이에 반하는 사건 처분을 했다는 것이다. 또 과세관청이 ‘거래처의 납품조건을 충족하기 위해 상품화 개발 과정에서 발생한 R&D 전담부서의 연구개발 관련 비용도 세액공제 대상에 배제되지 않는다’는 취지의 예규를 시행했다고 주장했다.

이에 재판부는 원고가 제시한 유사 세액공제 사례는 원고의 사건과 유사하다고 보기 어렵다고 판단했다. 예규 역시 '납품조건을 충족하기 위한 활동이 연구 활동 범주에 포함되지 않을 경우, 세액공제 대상에 포함시킬 수 있도록 허용한 것은 아니다'라고 해석했다.

한편 LG화학 관계자는 "항소심 선고 이후 상고 기간이 남아 있어 내부에서 논의를 거친 후 상고 제기 여부를 결정할 것"이라는 입장을 밝혔다.