고위공직자범죄수사처(공수처)와 국수본, 국방부 조사본부가 참여한 수사협의체인 공조수사본부(공조본)가 내란 혐의를 받는 윤석열 대통령을 피의자 신분으로 소환하는 등 초유의 현직 대통령 수사에 사활을 걸고 있으나 잡음이 나오면서 향후 수사와 재판에 지장을 주는 것 아니냐는 우려가 나온다.

23일 법조계에 따르면 '12·3 비상계엄 사태'를 수사 중인 검찰 비상계엄 특별수사본부(본부장 박세현 서울고검장)는 우종수 경찰 국가수사본부장 등 지휘부를 포함한 경찰 관계자 10여 명 휴대전화를 압수해 분석 중이다. 검찰은 지난 19일 경찰청 국수본과 영등포경찰서·국방부 조사본부 관계자에 대한 강제수사에 나섰다.

국수본 지휘부는 지난 3일 윤석열 대통령이 비상계엄을 선포한 이후 국군방첩사령부(방첩사) 요청에 따라 주요 정치인 등을 체포하기 위한 '체포조'에 강력계 형사 10명을 지원했다는 의혹을 받는다. 의혹이 사실로 드러나면 경찰이 계엄 '셀프수사'를 한다는 비판을 피할 수 없을 것으로 보인다. 이에 따라 공조본이 수사 대상에 오를 수 있어 수사의 정당성에 대한 논란도 발생할 수 있다. 

검찰 압수수색에 대해 국수본은 "엄정한 수사를 위해 공조본까지 꾸린 상황에서 참고인 휴대폰을 압수한 것은 매우 유감"이라며 불쾌감을 드러냈다. 우종수 본부장도 이날 국회 행정안전위원회 전체회의에 출석해 "참고인에게 압수수색 영장이 청구되는 사례는 이례적"이라고 지적했다. 

공조본을 구성하고 있는 또 다른 기관인 공수처를 둘러싸고도 내란죄를 직접 수사할 법적 근거가 있는지 논란이 일고 있다. 법적으로 내란죄 직접 수사는 경찰만 할 수 있도록 규정돼 있다. 공수처는 '수사 과정에서 인지한 고위공직자 범죄와 직접 관련성이 있는 죄는 수사가 가능하다'는 공수처법 조항을 근거로 직권남용 혐의를 받는 윤 대통령에 대한 내란 혐의까지 수사할 수 있다는 주장이다. 

하지만 향후 재판 과정에서 윤 대통령 측이 직접 수사 권한이 없는 공수처가 수사 주체가 된 것은 절차적으로 위법하다고 주장할 가능성이 높다. 한 검찰 출신 변호사는 "공수처가 내란죄 직접 수사가 가능한지에 대한 법원 판단을 이전에 받은 전례가 없어 나중에 문제가 될 수 있다"고 지적했다.