정부가 내년 말 일몰되는 반도체 등 국가전략기술 세액공제 제도에 대한 연장 여부를 검토한다. 투자세액공제 직접 환급과 제3자 양도제를 도입하는 등 제도 개선 방안도 논의될 예정이다.

25일 관련 부처에 따르면 기획재정부는 국가전략기술 세액공제와 관련된 연구 용역을 내년 중 실시한다.

국가전략기술은 국가 안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 경제 전반에 중대한 영향을 끼치는 기술을 말한다. 현재 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 전기차를 비롯한 미래형 이동 수단이 지정됐다. 

이들 기술의 사업화를 위한 시설 투자에 대해서는 현재 15%(중소기업은 25%)의 세액공제를 받을 수 있고 연구개발(R&D) 비용에 대해서는 30∼50%의 세액공제를 받을 수 있다. 이같은 세제지원은 2021년 하반기부터 적용돼 내년 12월 31일까지 3년간 한시 지원하기로 했다.

기재부는 내년 말 끝나는 이 제도를 연장할지 여부를 두고 연구 용역을 시행할 예정이다. 일몰이 도래하는 조세특례 중 연간 감면액이 300억원 이상인 경우에는 제도의 운영성과 등을 분석하는 조세특례 심층평가를 받게 된다.

최상목 부총리 겸 기재부 장관 후보자가 국회에 제출한 인사청문 서면답변서에 따르면 국가전략기술 R&D 비용으로 세액공제한 규모는 올해 1조1968억원이 될 것으로 전망된다. 시설투자 등 통합투자 세액공제로는 총 7500억원이 될 것으로 보인다. 사실상 국가전략기술로 올해 1조9468억원의 세금이 공제되는 것이다. 이중 대기업의 R&D 공제금액과 통합투자 공제금액은 각각 1조1927억원, 7483억원으로 총 1조9410억원을 차지할 것으로 예상된다.

최 후보자는 인사청문회 서면답변에서 "내년 말 일몰이 도래하는 국가전략기술 제도의 효과성을 종합적으로 검토해 일몰 연장 여부 또는 개선 필요성 등을 판단할 필요가 있다고 생각한다"며 "부총리로 취임하게 된다면 내년 중 관련 연구용역을 실시하고 연구 결과를 바탕으로 제도 개선 방향을 검토하겠다"고 말했다.

정부는 국가전략기술 세액공제 제도의 개선 방안도 검토한다. 투자세액공제 직접 환급과 제3자 양도제를 도입하는 방안이 대표적이다. 최근 기술 경쟁이 치열한 만큼 영업 이익이나 손실과 관계없이 기업이 공제받지 못한 세액에 상당하는 금액을 현금으로 환급해주거나 제3자에게 양도하자는 것이 방안의 골자다. 환급제도의 경우 미국, 캐나다 등 국가에서 시행중이다.

우리나라의 국가전략기술 통합투자 세액공제는 시설 투자에 대해 법인세를 공제해주는 방식이다. 이에 투자했지만 영업이익을 내지 못한 기업은 당장 공제 혜택을 받을 수 없다. 대신 공제받지 못한 세액을 다음 해로 넘겨 향후 이익이 나면 공제받을 수 있다. 

김상훈 국민의힘 의원이 대표로 미국 인플레이션 감축법(IRA)을 참고해 개정안을 발의했으며 해당 방안에 대한 검토 의견이 지난달 말 국회 기획재정위원회 조세소위원회에서 부대 의견으로 채택된 바 있다.

이외에도 '국가전략기술 육성에 관한 특별법'과 조세특례제한법상의 국가전략기술 범위가 다른 문제, 국가전략기술 분야를 추가하려는 경우 사전에 국회 기재위에 보고하는 문제 등도 부대의견에 올랐다. 기재부는 연구 용역을 통해 이들 방안에 대해 검토한다.