삼성전자가 마이크로소프트(MS)에 지급한 특허권 사용료에 세무당국이 징수한 법인세 113억여 원을 돌려줘야 한다는 대법원 판단이 나왔다.
 
20일 법조계에 따르면 대법원 3부(주심 노정희 대법관)는 삼성전자가 동수원세무서장을 상대로 제기한 법인세 원천징수처분 등 취소 청구 소송 상고심에서 원고 승소로 판결한 원심을 확정했다.
 
삼성전자는 지난 2011년 7월 안드로이드 기반 스마트폰 사업에 필요한 MS 특허권을 사용하고 그 대가를 MS 측에 지급한다는 계약을 체결했다. 삼성전자는 특허권 사용료를 보내며 한미조세협약에 따라 전체 금액 15%를 MS 측 법인세로 세무당국에 납부(원천징수)했다.
 
세무당국은 지난 2016년 법인세 통합조사 과정에서 삼성전자가 2013사업연도에 MS로부터 받아야 할 690억여원을 빼고 특허권 사용료를 MS에 준 사실을 확인했다. 당국은 삼성이 특허권 사용료 중 690억여원을 MS에 적게 지급했으니 법인세도 더 적게 냈다고 봤다. 이에 삼성전자가 과소 납부한 법인세를 113억여 원으로 보고 이를 징수했다.
 
삼성전자는 이런 처분이 부당하다며 소송을 냈다. 쟁점은 MS가 국외에서 등록했지만 한국에는 등록하지 않은 특허권 사용료를 국내 원천소득으로 볼 수 있는지였다. 삼성전자가 MS에 낸 사용료에는 국내 미등록 특허권도 포함됐다. 지난 2013년 기준 MS 전체 특허 건수는 4만1613개였고 이 중 국내 등록 특허는 1222개(2.9%)에 그쳤다.
 
1.2심은 과세당국의 원천징수 처분이 합당하지 않다며 법인세 원천징수분 113억여 원을 취소했다. 법인세법은 외국 법인이 국내 미등록 특허권 사용료도 국내 원천소득으로 보도록 하지만, 국제조세조정법은 국내 원천소득을 구분할 때 조세조약을 우선 적용한다고 규정한다.
 
재판부는 “한미조세협약은 미국 법인이 국내에 특허권을 등록해 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 사용 대가로 지급받는 소득만을 국내 원천소득으로 정했을 뿐”이라며 “국내에 등록하지 않은 경우에는 국내 원천소득으로 볼 수 없다”고 설명했다. 대법원은 하급심 판단이 옳다고 봤다.