마이크로소프트(MS)가 6300억원 규모의 법인세 세금을 돌려달라면서 한국 세무당국을 상대로 낸 소송에서 대법원이 환급을 명령한 1·2심 판결을 뒤집고, 다시 판단하라고 판결했다.

대법원 3부(주심 김재형 대법관)는 10일 MS사와 자회사 MS라이센싱이 동수원세무서를 상대로 낸 법인세 경정 거부처분 취소소송 상고심에서 이같이 판단했다.

대법원은 "국내에 등록되지 않은 해외 특허권에 대한 사용료는 원천징수 대상이 아니다"라면서도 "원심이 '특허권 사용료에 원천징수 대상이 될 수 있는 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등 사용대가가 포함돼 있다'는 세무당국 주장을 심리하지 않은 잘못이 있다"며 사건을 수원고법으로 파기환송했다.

이에 따라 '특허권 사용료'에 저작권이나 노하우 등 무형자산에 대한 사용료도 포함되는지를 두고 MS와 한국 세무당국이 다시 다투게 됐다.

사건은 MS가 삼성전자와 맺은 특허 사용권·사용료(로열티) 계약을 맺은 11년 전으로 거슬러 올라간다. MS는 지난 2011년 삼성전자와 안드로이드 기반 스마트폰과 태블릿 사업에 필요한 '특허 사용권'을 허락했다.

이에 삼성전자는 2012~2015년까지 MS라이센싱 계좌로 '특허권 사용료'를 보냈다. 그런데 삼성전자가 특허권 사용료를 MS 측에 주면서 일부를 법인세로 떼어놓은 게 문제가 된 것이다.

삼성전자는 특허권 사용료가 국내 원천소득에 해당한다고 판단해 한미조세협약에 따라 전체 특허권 사용료 4조3582억원 중 15%에 해당하는 6537억원을 법인세로 원천징수해 동수원세무서에 납부했다. 그러면서 원천징수 납부 이후 나머지 차액만 MS라이센싱 계좌로 지급했다.

이에 MS는 2016년 세무당국에 '특허권 사용료 중 한국에 등록되지 않은 특허권 사용 대가는 국내 원천소득이 아니므로 원천징수 세액을 환급해야 한다'는 취지의 경정 청구를 한다. 경정 청구는 과다하게 낸 세액을 바로잡아달라는 요청이다.

MS는 전체 특허 대부분이 국내에 등록되지 않았다며 앞서 납부한 세액 6537억원 중 6344억원을 돌려달라고 요구했지만, 세무당국은 MS의 요청을 거부했다. 이에 MS는 지난 2017년 소송을 제기했다.

1심과 2심은 한미조세조약을 적용하면 MS가 한국에 등록하지 않은 특허권의 사용료는 국내 원천소득으로 볼 수 없다며 MS가 경정 청구한 6344억원 중 7억원을 뺀 6337억원을 돌려줘야 한다고 판단했다.

2019년 9월부터 2년여 동안 심리를 진행해 온 대법원은 이날 "미국법인이 특허권을 국외에서 등록했을 뿐 국내에 등록하지 않은 경우 미국법인이 이와 관련해 받은 소득은 국내 원천소득으로 볼 수 없다"며 원심 판단이 정당하다고 봤다.

다만, 대법원은 원심이 '사용료 지급대상 무형자산에 저작권과 기술 등이 포함되는지 여부가 법원의 심리대상인지'에 대해 심리하지 않은 잘못이 있다며 사건을 파기환송했다.

삼성전자가 MS측에 전달한 사용료에 특허권 사용료 외 기타 노하우 등 무형자산에 대한 사용료가 있다면, 원천징수대상이 될 수 있다는 한국 세무당국 주장도 따져보라고 판단한 것이다.