2019년 6월 당시 안양지청은 이규원 검사에 대한 수사의지가 있었을까? 지금까지는 '김학의 출국금지'를 편법으로 강행한 혐의가 있다며 안양지청이 수사를 하려 하자 당시 반부패부장이던 이성윤 검사장이 압력을 행사, 수사를 무산시킨 것으로 돼 있다. 하지만 반드시 그렇게 볼 수 없다는 정황도 제기된다. 

지난 13일 비공식적 통로로 유출된 이성윤 서울중앙지검장에 대한 공소장은, 이성윤 지검장이 안양지청 수사팀의 '불법 출금 수사'를 무마했다는 의혹을 담고 있다. 공소장에 따르면 2019년 6월 안양지청 윤원일 검사는 이규원 검사가 같은 해 3월 김학의 전 법무부 차관에 대한 출국금지를 진행하는 과정에서 법적 절차를 어겼다는 사실을 인지하고 관련 사안에 대한 ‘수사 의지’를 상부에 표명한다. 윤 검사의 보고를 받은 안양지청은 이를 대검찰청 반부패강력부에 보고했는데 당시 대검 반부패강력부장이었던 이 지검장이 윤 검사의 수사 의지를 외압으로 꺾었다는 것이, 공소장의 요지다.

이와 관련 '정말 윤 검사 및 안양지청이 불법출금에 대한 수사 의지가 있었냐'는 반문이 제기된다. 당시 안양지청의 수사 의지가 분명하지 않았다면 이 지검장의 수사 무마 의혹은 무리한 주장으로 비춰질 수 있다.
 
이 지검장의 수사 외압 의혹이 처음으로 보도되기 시작했던 지난 2월, 몇몇 언론을 통해 당시 대검 반패부의 한 관계자는 "이규원 검사를 수사하겠다는 정식 승인요청이 없었다"고 밝혔다. '이규원 검사의 범죄 혐의'처럼 일선 지청이 검사나 고위공직자를 수사하려면 대검 반부패부의 승인요청을 받아야 하는데, 안양지청은 이런 절차를 밟지 않았다는 것이다.

검찰의 과잉수사 논란에 대응해 2017년 문무일 당시 검찰총장은 "검찰의 직접 수사하는 특수수사 부분에 대해 수사 총량을 줄이는 방향"의 검찰 조직 개편안을 발표했다. 이에 따라 전국 지방검찰청 산하 41개 지청 특수 전담 부서가 사라졌다. 이후 특수부가 없는 지검이나 지청이 특수수사를 하기 위해서는 '부패범죄수사 절차에 관한 지침'에 따라 대검의 승인을 받아야 한다.
 
이성윤 당시 반부패강력부장이 이규원 검사에 대한 수사를 '부당히' 막았어도 안양지청은 이에 대해 문제제기를 할 수 있었다는 비판도 제기된다.

대검찰청 예규는 검사와 상급자와의 이견이 발생할 경우 검사가 이에 대한 충분한 논의와 이의제기를 할 권리를 보장한다. 즉, 안양지청은 대검 반부패부가 부당한 외압을 가한다고 판단한 경우, 이의제기의 절차를 밟아 사건을 내부에서 공론화할 수 있었다는 것이다.

'검사의 이의제기 절차 등에 관한 지침' 제2조는 "검사와 소속 상급자는 구체적 사건과 관련된 지휘·감독의 적법성 또는 정당성에 대하여 이견이 있는 경우, 이의제기에 앞서 그 이견의 해소를 위하여 충분히 논의한다"고 규정한다.

이에 더해 제3조는 "검사는 제2조에 의한 숙의를 거친 이후에도 상급자의 지휘·감독이 유지되고 이에 대하여 여전히 이견이 존재하는 경우, 이의제기서를 작성하여 상급자에게 제출할 수 있다"고 명시한다. 제4조에 따라 이의제기를 제출받은 기관장은 이 사실을 상급 검찰청의 장에게 보고해야 한다.
 
또한 안양지청의 정식 보고라인은 대검 반부패부에서 대검 수뇌부로 이어지는 라인이 아니라, 안양지청의 본청인 수원지검, 수원고검을 거쳐 대검으로 이어지는 라인이라는 주장도 제기된다. 이 지검장에 대한 공소장에 따르면, 안양지청은 이규원 검사 의혹을 대검 반부패부의 외압에 의해 자신의 소속 기관인 수원지검이나 고검에 보고하지 않은 것으로 보인다. 하지만 안양지청이 ‘이규원 검사의 범죄’를 분명히 인지했다면, 안양지청은 ‘외압 존재'와 상관없이 수원지(고)검에 보고했어야 한다는 비판이 가능하다.

대검 예규인 ‘검찰공무원의 범죄 및 비위 처리지침’는 ”각급청의 부서책임자나 감찰업무담당자가 그 직무수행과정에서 검찰공무원의 범죄나 비위를 발견한 경우에는 지체없이 소속 기관장에게 보고해야 한다”고 명시한다. 또한 관련 보고를 받은 각급청의 장은 “이를 지체없이 검찰총장이나 고등검찰청 검사장에게 보고”하도록 하고 있다.