윤석열을 검찰총장으로 임명한 문재인 대통령은 국회에 보낸 인사청문 요청안을 통해 윤 총장에 대해 ‘검찰총장으로서 우리 사회의 부정부패를 척결하고 국민을 위한 바람직한 검찰제도 개혁을 이루어내어 검찰에 대한 국민의 신뢰를 회복할 적임자’라고 표현했다. 하지만 1년 만에 윤 총장은 현재 추미애 법무부 장관 대립각을 세우는 등 뜻밖의 국면을 맞이했다.
    문재인 대통령이 조국 전 민정수석을 법무부 장관으로 임명했다. 조 전 장관 취임 후 검찰은 임명 전부터 논란이 있었던 조 전 장관 자녀 입시 비리 의혹, 사모펀드 실소유주 논란 등 조 전 장관 일가에 대한 대대적인 수사를 진행했다. 법무부와 갈등이 시작된 것이다.
    5촌 조카, 동생, 배우자가 차례로 구속된 조 전 장관은 사퇴를 표명했다. 이후, 윤석열은 ‘유재수 감찰 무마’, ‘울산시장 선거 개입’ 등 청와대 관련 수사의 폭을 더 넓혔다.
   
문재인 대통령은 조국 전 장관 사퇴 후 윤석열과 반부패정책협의회에서 처음 만난다. 이날 문재인 대통령은 "이제부터의 과제는 윤석열 총장이 아닌 다른 어느 누가 검찰총장이 되더라도 흔들리지 않는 공정한 반부패 시스템을 만들어 정착시키는 것이라고 생각한다"고 말했다.

2019년 12월 4일에는 검찰이 유재수 전 부산시 부시장의 감찰 무마 의혹과 관련해 청와대에 대한 압수수색을 나섰다.
    2020년 1월 2일 추미애 법무부 장관이 취임했다. 이전까지 법무부 장관 자리가 공석이라 윤 총장을 견제하는 자가 없었던 분위기는 뒤집힌다.
    올해 1월 8일 추미애 법무부 장관은 취임 일주일 만에 한동훈 대검찰청 반부패부장과 박찬호 대검 공공수사부장을 지방으로 전보하는 인사를 단행했다. 이 인사를 두고 ‘윤 총장 수족 자르기’라는 평가도 나왔었다. 한동훈 대검찰청 반부패부장은 서울중앙지검의 조 전 장관 일가 비위 의혹 수사를 지휘했고, 박찬호 대검 공공수사부장은 청와대 울산시장 선거 개입·하명수사 의혹 수사를 지휘했었기 때문이다.
    최근에는 ‘검언유착’ 의혹 수사를 두고 추 장관과 윤 총장이 전문수사자문단 소집과 수사지휘권 발동 등 힘겨루기를 벌이며 갈등의 골은 더 깊어진 상태다. '검언유착' 의혹에는 윤 총장의 최측근인 한동훈 법무연수원 연구위원이 연루됐다. 윤 총장은 대검 부장회의, 전문수사자문단 등 협의체를 가동했으나 측근 지키기가 아니냐는 지적에 '진퇴양난'에 빠졌고, 결국 추 장관의 수사지휘권 발동을 받아들였다.