‘검언유착’ 사건에 대한 장관의 지휘권 발동을 두고 갈등을 벌였던 법무부와 대검이 '독립 수사본부'를 누가 먼저 제안했는지를 두고 다시 충돌했다. 대검은 '법무부가 먼저 제안해 놓고 뒤집었다'고 주장한 반면 법무부는 '보고를 받은 적도 없다'며 코웃음을 치고 있다. 

법무부는 9일 "대검 측으로부터 서울고검장을 팀장으로 해달라는 요청이 있어 실무진이 검토했으나 장관에게 보고된 바 없다"고 부인했다. 특히 “독립적 수사본부를 언급하거나 이를 공개적으로 건의해달라고 대검 측에 요청한 적도 없다”고 말했다.

‘절충안을 법무부가 제안했다’는 대검찰청의 주장에 대한 반박이다.

장관이 연차를 내고 지방의 사찰에 가 있는 상황이기 때문에 대면보고를 할 수 있는 상황도 아니었고, 전화보고도 없었다는 것이 법무부 관계자들의 공통된 주장이다. 실무진 검토단계에서 폐기된 것을 검찰이 억지로 살려내 언론에 공표하는 등 '여론전'을 한 것이라는 의심까지 제기된다.  

앞서 이날 오전 대검찰청은 추 장관의 수사지휘를 받아들인다는 취지의 발표를 하면서도 “지휘권 발동 이후 법무부로부터 서울고검장을 본부장으로 하는 독립 수사본부 설치 제안을 받고 이를 전폭 수용했다”며 “어제 법무부로부터 공개 건의해달라는 요청을 받았다”고 밝혔다.

추 장관의 수사지휘권 발동 이후 법무부와 물밑 조율을 계속해왔으며 전날 윤 총장의 건의 내용은 법무부가 먼저 제시했다는 것이다. 법무부가 해당내용을 제안하고 대검이 이를 받아들였음에도 추 장관이 이를 뒤집었다고 주장하는 것으로 풀이됐다.

구체적인 표현을 하지는 않았지만 법무부와 장관을 비난하기 위한 것으로 읽힌다. 장관의 지휘권에는 복종할 수밖에 없지만 검찰이 동의한 것은 아니라는 것을 분명히 한 부분도 있다. 

이처럼 대검이 마지막까지 저항을 멈추지 않으면서 법무부의 승리로 마감될 것 같았던 이번 사태는 특별수사본부를 두고 진실게임을 벌이는 양상으로 비화될 가능성이 높아졌다. 

이와 관련해 법조계에서는 법무부 실무진이 보고 전에 절충안을 마련하기 위해 협의를 할 수는 있지만 장관에게 보고하기도 전에 발표를 하도록 요청하는 상황은 상상하기 어렵다는 견해가 더 우세하다. 설령 공표와 관련한 협의가 있었다고 해도 장관이 승인했는지 여부를 확인한 뒤에 해야지 승인 여부를 확인하지도 않고 공표부터 하는 것은 있을 수 없다는 지적도 나온다.