검찰이 '서울시 공무원 간첩' 증거 조작 의혹과 관련해 당시 수사를 지휘했던 검사들에 대해 '증거가 불충분하다'며 불기소 처분을 한 사실이 뒤늦게 확인됐다. 문무일 전 검찰총장 당시 검찰과거사위원회 조사결과와 정면으로 배치되는 것이어서 논란도 예상된다. 

서울중앙지검 형사1부(정진웅 부장검사)는 지난 4월 20일 서울시 공무원 간첩 사건 수사 지휘 검사였던 이문성(현 수원고검 근무)·이시원씨(현 변호사)에 대한 국가보안법 위반(무고· 날조 등) 혐의에 대해 불기소 처분했다

앞서 지난해 2월 유우성씨는 불법감금, 가혹행위, 증거위조 등 간첩 조작을 한 혐의로 국정원 수사관 4명과 조사과정에 개입한 성명불상의 수사관들과 수사·공판을 맡은 검사 2명을 국가보안법·국정원법 위반 혐의로 고소했다. 

검찰은 1년여간 수사를 거쳐 지난 4월 20일 불기소 처분을 내렸다.

검찰의 불기소 처분 결정문에는 “해당 검사들은 (증거가) 위조된 사실을 알지 못하였고, 국정원의 직원이 위조까지 하리라고는 생각하지 못하였다고 변소한다”며 "(검사들은) 선양총영사관에 공문을 발송하여 (위조 증거를) 받은 점을 고려하면 (증거조작) 사실을 알았다고 보기 어렵다”는 등의 내용이 기재돼 있다.

'유우성씨의 진술만으로는 피의사실을 인정하기엔 증거가 부족'하기 때문에 해당 검사들이 설명한 "검사들도 국정원에 속았다"는 항변을 뒤집을 수 없다는 것.

이는 검찰 과거사위원회의 조사 결과와도 정면 배치되는 결과이다. 앞서 진상조사단은 "해당 검사들의 주장과는 달리 이 사건 증거조작에 이들이 깊이 관여해왔으며, 증거조작 사실을 이미 사전에 인지하고 있을 가능성이 매우 높다는 사실을 확인했다"고 판단했다.

특히 과거사위는 △국정원 합신센터 조사과정에서 유우성씨의 동생 유가려씨에 대한 가혹행위 △변호인의 접견교통권 침해행위에 대한 검사의 용인과 협력 △밀입북의 증거로 제출된 사진의 위치정보에 대한 의도적인 은폐 △유우성씨의 휴대전화 통화내역이나 유가려씨의 일부 진술서 등 유리한 증거 은폐 및 지연제출 △허위로 작성된 영사 확인서에 대해 검증이 소홀하였을 뿐만 아니라 허위임을 인식할 가능성 등을 확인한 바 있다.

그런데도 가해자들에 대한 강제수사 없이 불기소 처분을 내리면서 '제 식구 감싸기'라는 비판을 피하기 어렵게 됐다.

특히 국정원 보고서를 "몰랐다"는 해당 검사들의 주장을 그대로 받아들인 점도 도마에 오를 것으로 보인다.

유가려씨는 국정원 합동신문센터에서 "오빠가 간첩이다"고 허위자백했다가 얼마 뒤 그 진술을 뒤집었다.

국정원이 수사내용을 검찰에 송치한 기록에는 수사 초기 유가려씨의 진술이 여러 차례 번복된 사실이 기재되어 있는데, 해당 검사들은 이러한 증거는 법원에 제출하지 않았다.

이후 해당 검사들은 검찰 수사에서 "공판과정에서 (오빠가 간첩이 아니다고 번복한) 추가진술서가 있다고 알게 됐다"고 주장했다.

이에 대해 검찰은 수사를 통해 검찰 수사관이 "유가려의 (국정원으로부터 받은) 초기 진술서를 수사보고서에 편철하지 않았다"는 이유를 그대로 받아들였고, 유가려씨의 진술번복 사실을 몰랐다는 주장도 그대로 인정됐다.