정부는 지난해 일본의 수출규제를 계기로 집중적으로 육성하기로 한 소재·부품·장비 분야에 대한 세제 지원을 확대한다. 일반 연구·개발(R&D)보다 더 많은 세액공제를 해주는 신성장동력·원천기술 인정 범위를 173개에서 223개로 확대하면서, 소재·부품·장비 핵심 100대 품목을 모두 포함했다. 우리 기업이 소재·부품·장비 해외 업체를 인수할 때 세제 혜택도 줄 예정이다.

기획재정부는 이런 내용이 담긴 2019년 세법개정 후속 시행령 개정안을 입법 예고했다. 이번 세법 시행령은 경제 활력과 혁신 성장을 뒷받침하는 데 초점을 맞췄다. 특히 국내 소재·부품·장비 산업의 경쟁력을 높이기 위해 세제 지원과 관련해 세부 규정을 마련했다.

정부는 신성장동력·원천기술 R&D 세액공제 대상을 기존 11개 분야, 173개 기술에서 12개 분야, 223개 기술로 확대한다. 여기엔 정부가 일본의 수출규제 대응책으로 지정한 소재·부품·장비 핵심 100대 품목이 사실상 모두 포함된다. ARF·EUV 광원용 포토레지스트, 고순도 불화수소, 블랭크마스크 등 반도체 핵심 소재·부품 제조 기술이 추가됐다.

기재부 관계자는 "산업통상자원부가 선정하는 소위 100대 핵심 소재·부품·장비 품목들은 사실상 모두 신성장·원천기술에 포함돼 20~40%의 R&D 세제 혜택을 받을 수 있게 됐다"고 설명했다.

또 신성장·원천기술 공제 대상에 첨단 소재·부품·장비 분야를 신설하면서 △고순도 산화알루미늄 등 첨단소재 제조 기술 △고정밀 베어링·능동마그네틱 베어링 등 첨단부품 제조 기술 △첨단 머시닝센터 등 첨단 장비 제조기술 등 20개 기술이 새로 들어갔다.

또 우리 기업이 소재·부품·장비 외국 법인을 인수하는 경우엔 인수금액의 5%를 세액공제해 줄 계획이다. 중견기업은 7%, 중소기업은 10%까지 공제 규모가 늘어난다. 발행주식 총수 또는 출자총액의 50% 이상을 취득하거나, 발행주식 총수 또는 출자총액의 30% 이상과 경영권을 취득할 경우다. 단, 인수 후 4년간 사업을 접거나 지분율이 감소하면 공제 받은 세액과 이자를 추징한다.

우리나라 기업들이 협력사를 공유할 수 있도록 공동으로 소재·부품·장비 관련 중소·중견기업에 연구개발 목적으로 공동출자하는 경우 출자금액의 5%를 법인 세액에서 공제해준다. 아울러 소재·부품·장비 분야 특화 선도기업·전문기업·강소기업·창업기업에 근무하는 외국인 기술자에게는 5년간 최대 70%의 소득세를 감면해준다.

정부는 또 지난해 연말까지였던 가속상각 특례 확대를 올해 6월 30일까지 6개월 추가로 연장한다. 가속상각이란 자산을 취득한 초기에 감가상각을 크게 해 세금을 덜 내면서 투자금액을 조기에 회수할 수 있게 하는 제도다. 대기업은 상반기까지 한시적으로 내용 연수를 50%까지 축소할 수 있는 가속상각 대상 자산이 생산성 향상시설과 에너지 절약시설까지 늘어난다. 중소·중견기업은 모든 사업용 자산에 대해 가속상각 허용 한도가 50%에서 75%로 높아진다.

올해 한시적으로 대기업은 투자세액공제율이 1%에서 2%로 2배로 확대되는 생산성 향상시설에 스마트공장 설비가 포함된다. 생산성 향상시설에 대한 투자세액공제율은 중견기업은 올해부터 내년까지 3%에서 5%, 중소기업도 내년까지 7%에서 10%로 대대적으로 확대된다.

올해부터 중소·중견기업 내국법인이 해외 법인에 파견한 주재원에게 지급한 인건비를 비용으로 인정한다. 다만 해당 주재원이 받는 급여 가운데 모회사에서 지급하는 비율이 50%를 넘지 않는 경우로 제한한다.

기재부 관계자는 "자회사 종업원 인건비를 모회사가 지원하게 되면 부당지원이나 조세회피가 될 수 있어 법인세법에 맞지 않는다"며 "다만 여력이 있는 대기업과는 달리 중소·중견기업은 국내에 남은 가족의 건강보험·4대 보험료를 국내에서도 일부 지급해야 하는 애로사항을 해소하려 한 것"이라고 설명했다.

중소기업의 외상 매출금 비용 처리 인정 기한도 현행 3년에서 2년으로 단축한다. 현재는 민법상 소멸시효인 3년이 지나야 비용으로 인정하지만, 올해부터는 회수기일부터 2년이 지나면 회수할 수 없는 돈이라고 보고 비용 처리를 할 수 있다.