독점적 기술을 보유한 특수관계법인과의 거래에 대한 '일감몰아주기 과세'가 원래대로 유지된다. 증여세 대상에서 면제키로 했지만, 방침을 선회해 기존 과세 범위를 적용키로 결정됐기 때문이다. 특히, 법제처 심사 및 공정위 등 부처협의 등 이해관계자의 의견이 반영된 조치다.

정부는 7일 국무회의를 열고 이같은 내용이 포함된 세법 후속 시행령 개정안 수정사항을 통과시켰다.

당초 시행령 개정안에 담겨 있던 특허기업에 대한 일감 몰아주기 면제 방안은 이번에 삭제됐다.

기존에는 특허를 보유한 수혜법인이 기술적 전·후방 연관 관계에 있는 특수관계법인과 불가피하게 거래한 부품·소재 매출액은 일감 몰아주기 과세 대상에서 제외됐다. 특수관계법인이 특허와 같은 독점 기술을 가지고 있는 만큼 회피 방법 없이 거래하는 때에도 일감 몰아주기 기준을 넘어서면 예외 없이 증여세가 부과된다는 국회 등의 지적을 반영했다.

그러나 공정거래위원회가 추진 중인 일감 몰아주기 근절 정책과 충돌할 수 있다는 우려의 목소리도 높아졌다. 시장에 미치는 영향을 충분히 파악하지 않고 과세 범위에 대한 매출액 범위만 줄이는 것 역시 지적을 받았다.

기재부는 이후 특허 보유에 따른 거래 실태조사 등 현황을 살펴본 뒤 보완책을 마련할 계획이다.

이와 함께 이번 개정안은 성과 공유 중소기업의 경영성과급 세제 지원 대상을 '영업이익이 발생한 중소기업의 성과급'으로 제한했다. 초연결 네트워크(5G) 투자세액공제 대상에는 기지국 시설 운용에 필요한 부대시설 매입가액이 포함됐다.

고유디자인 개발을 위한 비용 등을 디자인 연구개발비용에서 제외키로 했으며 위탁연구비 등을 추가하는 내용은 디자인 전문회사 인증 준비 기간 등을 고려해 1년 미뤄 2020년 1월 1일 과세연도부터 시행키로 했다. 

청년우대형 주택청약종합저축 가입 자격의 확인 기한을 조정해 가입자 편의를 높이는 한편, 소득 확인 증명서류는 사업소득 지급확인서 등으로 확대한다.

과실주 소규모 주류 제조 면허는 업계의 준비 기간을 고려해 당초보다 1년 늦춰진 2020년 4월 이후 면허 신청분부터 시행키로 했다.

조세심판원장을 세무사징계요구권자에서 제외하는 내용도 포함됐다.

한편, 후속 시행령 개정안은 다음 주 공포될 예정이다.