2014년 4월 16일 세월호 참사 당일 청와대가 대통령에게 최초 상황을 보고한 시점을 30분 늦추는 등 보고서를 조작했다는 의혹이 제기됐다.

또 박근혜 정부 청와대는 세월호 사고 발생 이후 국가위기관리 지침을 적법 절차를 거치지 않고 불법적으로 변경한 것으로 나타났다.

임종석 대통령 비서실장은 12일 춘추관에서 긴급 브리핑을 열고 “지난달 27일 국가위기관리센터 내 캐비닛에서 (박근혜 정부 청와대가) 국가위기관리 기본지침을 불법 변경한 자료를 발견했다"고 말했다.

임 실장은 또 "어제(11일) 안보실 공유 폴더 전산 파일에서 세월호 사고 당일 세월호 상황보고 일지를 사후에 조작한 정황이 담긴 파일 자료도 발견했다"고 덧붙였다.

임 실장은 “세월호 참사 당일 최초 보고는 오전 10시에 이뤄졌다고 했으나 이번에 발견된 보고서에 따르면 당시 센터는 최초상황 보고서를 9시 30분에 보고했다고 돼 있다”며 “하지만 당시 청와대는 6개월이 지난 2014년 10월 23일 사고 당일 상황보고 시점을 수정해 보고서를 다시 작성했다"고 밝혔다.

임 실장은 “청와대의 세월호 당시 문서 사후 조작 사실을 보고받고 상황의 심각성이 중대해 발표하게 됐다”고 덧붙였다.

임 실장은 보고 시점 수정과 관련해 "처음에 보고받고 이해가 안 됐다. 보고 시점과 대통령의 첫 수습지시 시점 간격을 좁히려는 것 아닌가 하는 것 외에는 다른 상상이 안 된다"면서 "당시에 1분, 1분의 중요성을 감안하면 참 생각이 많은 대목"이라고 밝혔다.

이들 자료는 현 정부 국정과제인 통합적 국가재난 관리체계지침 개정 과정에서 발견된 것으로 알려졌다.

청와대의 공식 문서를 수정하기 위해서는 복잡한 절차가 필요하지만, 박근혜 정부 청와대는 법적 절차를 무시하고 수정된 지침을 빨간 볼펜으로 원본에 줄을 긋고 필사로 수정해 전 부처에 내려보냈다는 게 임 실장의 설명이다.

문재인 대통령은 박근혜 정부 청와대에서 세월호 사고 최고 보고시간을 사후에 고치고, 안보실장이 위기 컨트롤타워라는 지침을 절차 없이 임의로 변경한 것을 보고 받고 "국민적 의혹을 해소기 위해 알리도록 게 좋겠다. 국민에게 알리고 바로잡을 필요가 있다"고 말했다고 임 실장은 전했다.

임 실장은 "관련 사실이 갖는 성격과 국정농단의 참담한 상황이 지나치다고 봤다"며 "어떻게 국가의 중요한 사무들을 임의로 변경하고 조작할 수 있었는지 다시는 반복되면 안 된다는 경계로 삼고자 한다"고 말했다.

청와대는 진상규명을 위해 수사기관에 수사를 의뢰할 예정이다.