(아주경제 이미호 기자) 다음달부터 서울과 과천 및 5대 신도시(분당·일산·평촌·산본·중동) 1세대 1주택자에 적용되는 양도세 비과세 요건 가운데 '2년 거주' 조건이 폐지된다.

또 일정 규모 이상의 수입을 얻는 사업자는 종합소득 신고시 사업 소득 계산의 적정성을 세무사, 회계사, 세무 및 회계법인 등으로부터 확인받아야 한다.

아울러 퇴직소득세 납부 시점을 연장(과세이연)할 경우, 해당계좌를 다른 금융기관으로 이전하더라도 별도로 세금을 내지 않아도 된다. 기존에는 다른 금융기관으로 이전하면 '퇴직급여 인출'로 판단해 과세를 했다.

◆1세대 1주택자 양도세 비과세 완화

12일 기획재정부는 이러한 내용을 골자로 하는 '세법 시행령 개정안'을 추진한다고 밝혔다. 이번 개정안은 입법예고, 부처협의 및 법제처 심사를 거쳐 차관·국무회의 상정 후 오는 6월에 공포될 예정이다.

우선 소득세법 시행령 중 가장 눈여겨 봐야 할 대목은 1세대 1주택자 양도소득세 비과세 요건을 완화하기로 한 부분이다.

이는 지난 1일 국토해양부가 당·정협의를 거쳐 기획재정부·금융위원회와 함께 확정한 '건설경기 연착륙 및 주택공급 활성화 방안'의 후속조치다.

기존에는 서울, 과천, 5대 신도시 소재 주택에 대해서 3년이상 보유하면서 2년이상 거주한 경우에 한해 비과세를 적용했지만 '2년 거주' 요건을 없앴다.

이밖에도 수입금액이 일정 규모 이상(농어업·도소매업 30억원 이상, 제조업·숙박음식점업 15억원 이상, 부동산업·서비스업 7억5000만원 이상)인 사업자는 종합소득 신고시 반드시 사업소득 계산의 적정성을 세무사 등에게 확인받도록 했다.

대신 확인받은 사업자는 확인비용의 60%를 세액공제 할 수 있다. 만약 확인받지 않을 경우에는 가산세 부과 및 세무조사 대상에 포함되는 제재를 받게 된다.

퇴직소득 과세이연계좌를 다른 금융기관으로 옮길 경우에는 과세이연(세금 납부 시점 연장)을 유지키로 했다.

미분양주택에 투자하는 리츠·펀드·신탁회사가 해당 주택을 양도하는 경우 수도권이나 지방 등 지역에 관계없이 추가과세 요건을 완화하고 적용기한을 연장하는 법인세법 시행령도 확정했다.

원래 법인의 양도소득은 법인세로 과세되지만, 미분양주택에 투자하는 경우는 주택 양도소득에 30%를 곱한 세액을 법인세에 추가해 과세키로 했다. 기한은 오는 2012년말까지 한시적이다.

또 임대주택의 종부세 비과세 적용시, 임대기간 계산방법을 변경했다.

기존에는 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지 걸리는 기간이 1년 이내인 경우에는 계속 임대하는 걸로 봤지만, 기간을 2년까지 연장했다.

◆신성장동력·원천기술 R&D, 조특법 개정

신성장동력·원천기술 연구개발(R&D) 세액공제 대상을 확대하는 조세특례제한법 시행령도 확정했다.

새로 추가되는 항목은 풍력·지열에너지, 3D·4D 등 입체영상, 스마트 자동차 등 IT 융합과 차세대 신공정 LCD 개발기술이다.

정부는 현재 전담요원 인건비, 연구개발용 부품·원재료 구입 등 구입비의 20%(중소기업 30%)를, R&D 지출액의 3~6%(중소기업 25%) 또는 R&D 지출 증가액의 40%(중소기업 50%)를 공제해주고 있다.

또 부동산집합투자기구 등 배당소득에 대해서 과세하는 방안을 신설했다.

투자대상은 기준시가 6억원 이하·주거전용면접 149㎡이하인 임대주택으로 자산총액의 60%를 투자하는 기업이다.

녹색저축을 통해 조달한 자금의 투자대상도 확대한다.

정부인증 녹색사업을 수행하는 사업체에 대한 직접대출, 녹색전문기업 발행 채권을 기초자산으로 하는 자산유동화 증권을 새로 추가했다.

환지를 처분하면서 청산금을 교부받는 부분은 환지예정지 지정일부터 3년이 지나도 양도세를 100% 감면하도록 했다.

상속받은 농지의 경작기간을 계산할 경우, '피상속인이 취득하여 경작한 기간'을 '직전 피상속인의 경작기간'으로 구체화·명확화했다.

공익법인 세무확인 및 결산서류 공시대상에 총수입금액과 출연받은 재산가액을 합해 가액이 5억원 이상인 공익법인도 대상에 추가했다.

유상증자와 감자(減資)시 비상장주식 평가방법도 개선한다.

주식수를 환산하긴 하되, 자본금 증감에 따른 순손익액 효과(순손익액±유상증자·감자금액×자기자본이익률)를 반영키로 했다.