한국의 대기업 연구개발(R&D) 세제지원이 지난 10년간 오히려 약화된 것으로 조사됐다.

10일 전국경제인연합회 산하 한국경제연구원이 발표한 '한·일 R&D 세제지원 비교' 보고서에 따르면 한국의 경제협력개발기구(OECD) 내 대기업 R&D 세제지원 순위는 2009년 14위에서 지난해 27위로 13단계 하락했다.

그 사이 경쟁국은 기업의 대기업 R&D 세제지원을 강화하며, 한국과 격차를 벌렸다. 특히 일본과 격차가 크게 확대됐다. 일본의 순위는 2009년 11위에서 지난해 14위로 3단계 하락하는 데 그쳤다. 이로 인해 양국의 순위 격차는 2009년 3단계에서 지난해 13단계로 커졌다. 

한경연 관계자는 “한국과 달리 일본은 R&D 투자 활성화를 위해 공제율과 한도 상향, 투자 인센티브 확대, 공제비용 범위 확대 등을 추진한 결과”라고 설명했다.

한국 대기업의 일반 R&D 공제 제도는 총액 방식과 증가분 방식 가운데 선택하도록 했지만, 증가분 방식은 높은 증가율을 시현한 기업들만이 선택해 기업의 80% 이상은 총액 방식을 선택하고 있다.

이런 한국의 총액 방식은 매출액 대비 R&D 비용 비중의 절반을 2% 한도에서 공제율(0∼2%)로 설정하는 반면, 일본은 기본 공제율 6%에 투자 증가율에 따라 14%까지 공제받을 수 있어 투자 공제율 차이가 크다.

한국은 2013년 이후 일반 R&D 공제율을 '3∼6%'에서 '0∼2%'로 4차례 축소했지만, 일본은 '8∼10%'였던 공제율을 '6∼14%'로 확대했다.

또한 일본은 R&D 투자 증가에 대한 인센티브를 강화한 것과 달리 한국은 인센티브가 전무한 상황이다.

일본은 올해도 기존 인센티브 구조를 강화하고 양질의 R&D 투자를 늘리기 위해 세법을 개정했다. 일본 R&D 공제는 기본공제인 R&D 투자 총액형에 이어 매출대비 R&D 비용 비율이 10% 이상인 기업(고수준형)과 외부 연구기관과의 공동·위탁 연구하는 기업에 대한 추가 공제로 구성된다.

일본은 R&D 투자 규모를 늘리기 위해 '고수준형 세액공제'를 2년간 연장하고 공동·위탁연구에 대한 공제 상한을 법인세액의 5%에서 10%로 확대했다.

R&D의 질적 향상을 위해서는 대기업이 연구개발형 벤처기업과 공동·위탁연구를 통해 혁신하도록 추가 공제율을 20%에서 25%로 올렸다.

추광호 한경연 일자리전략실장은 “혁신성장이 어느 때보다 중요한 상황”이라며 “R&D 투자 확대를 위한 공제율과 공제한도 상향 등 양적 확대와 함께 공동·위탁 연구 대상과 공제범위 확대를 통한 질적 향상이 필요하다”고 말했다.