국민건강보험공단(이하 건보공단)이 매년 국세청의 소득자료가 나오기 전후로 건강보험료 연말정산을 두 차례 진행하는 것이 불필요하다는 지적이 나왔다. 연말정산 중복업무로 인해 추가 비용이 발생하고 사업장의 불편을 초래한다는 분석이다.

감사원은 '국민건강보험공단 기관운영감사' 결과를 27일 공개하고 이같이 밝혔다.

감사원은 우선 직장가입자 건강보험료 연말정산 절차가 불필요하게 중복 수행되고 있다고 지적했다.

건보공단은 보건복지부의 위탁으로 직장가입자의 건강보험료를 부과·징수하면서 보험료 연말정산을 1·2차에 걸쳐서 하고 있다.

1차로 3월에 전국 사업장으로부터 전년도 직장가입자에게 지급한 보수총액을 신고받아 이를 기준으로 건강보험료를 재산정한 후 전년도에 이미 부과한 건강보험료와의 차액을 추가로 부과하거나 반환한다.

이어 2차로 6월에 국세청 소득자료를 연계해 1차 연말정산의 적정성을 검증한 후 직장가입자의 건강보험료를 확정하는 방식이다.

이로 인해 사업장은 국세청뿐 아니라 건보공단에 별도의 보수총액 신고를 해야 한다는 점에서 불편을 제기하고 있고, 건보공단의 별도 신고 안내 비용도 연평균 12억원이 발생하고 있다.

이에 감사원은 복지부 장관에게 "건보공단이 건강보험료 연말정산 업무를 국세청 소득자료를 활용해 한 번만 하는 등 중복 업무를 간소화할 필요가 있다. 개선 방안을 마련하라"고 통보했다.

또한 이번 감사를 통해 건보공단이 직장가입자 건강보험료를 부과할 때 법인 대표자의 인정상여가 건강보험료 부과 대상에서 누락되는 문제도 확인됐다.

인정상여란 법인세 세무조정 과정에서 본래의 상여는 아니지만 그 이익이 누군가에게 귀속된 것으로 판단될 경우 상여로 인정하는 것을 의미한다.

인정상여는 △ 임직원이 귀속자가 분명한 경우 △ 대표자가 귀속자가 분명한 경우 △ 귀속자가 불분명해 대표자에게 귀속된 것으로 간주되는 경우 등 3가지로 나뉜다.

건보공단은 그동안 3가지 인정상여를 모두 보수로 보고 보험료를 부과하다가, 인정상여 중 일부는 '보수 외 소득'으로 봐야 한다는 대법원 판결 등을 계기로 지난해에는 '대표자가 귀속자가 분명한 경우'와 '귀속자가 불분명해 대표자에게 귀속된 것으로 간주되는 경우' 전체에 대해 보험료를 부과하지 않았다.

그 결과 2017년 근로소득에 인정상여가 있는 법인 대표자 4만8297명의 인정상여 3267억원에 대해 적게는 26억원에서 많게는 207억원의 건강보험료를 부과하지 못했다.

이와 관련, 감사원은 복지부 장관에게 "건보공단의 보험료 부과 대상 보수·소득에서 대표자의 인정상여가 누락되지 않도록 하라"고 통보했다.