법무부는 사건 재판 당시 서울중앙지방검찰청 검사 3명에 대한 징계를 의결했다.
법무부는 재판 당시 서울중앙지검 소속으로 공판을 담당했던 2명을 각각 정직 1개월, 중앙지검 공안1부장이던 최 모 부장검사를 감봉 1개월 처분했다.
지난 5월 김진태 검찰총장은 대검찰청 감찰본부 권고에 따라 법무부에 이들 검사에 대한 징계를 요청했다.
당시 대검은 "공판 관여 검사 2명은 품위 손상, 직무 태만 등 비위 혐의가 인정
돼 정직을 요청한다"고 밝혔다.
국정원은 협조자를 통해 간첩 혐의를 받는 유우성(34)씨의 출입경 기록을 확보해 전달했으나 이들 검사는 법정에서 진술할 때 마치 대검이 공문을 통해 기록을 공식적으로 입수한 것처럼 오해받을 수 있도록 표현했다.
또한 대검 감찰결과 법원에 낸 의견서에도 마찬가지로 표현한 것으로 드러났다.