새누리당 권성동 의원은 "지난해 11월 감사원이 '대형재난 예방 및 대응실태'라는 이름으로 안전행정부, 해양수산부 등 안전 관련 기관을 전부 감사했으나 한 건도 적발을 못했다. 이때 심도있게 선박안전 분야 감사를 철저히 했더라면 세월호 사고를 미연에 방지할 수 있었을 것"이라고 주장했다. 이어 "감사원이 한국선급 등과 유착해 제대로 감사하지 않은 게 아니냐는 생각도 든다"며 의문을 제기했다.
같은 당 윤재옥 의원은 "한국선급과 한국해운조합은 정부 업무를 대행하는 기관인데도 각각 15년, 41년간 한 번도 감사를 받지 않았다"면서 "국민의 안전과 생명을 담보하는 공적 업무 수행기관에 대해선 우선적 감사를 해야 한다"고 촉구했다.
김현 의원도 질의서를 통해 "감사원 감사는 핵심은 빼놓은 '깃털감사', 대통령 보호를 위한 '방탄감사', 시스템의 하부만을 건드린 '헛다리 짚기 감사'에 불과하다"고 주장했다.
새누리당 이완영 의원은 "검·경에서 유병언 회장이 소유주라는 사실을 미리 알고 있었을 텐데 이 엄청난 사건 책임자의 소재 확보를 못한 것에 대한 국민 말씀이 많다"며 검거 실패를 비판했다. 조원진 의원은 "세모가 부도났다가 인수되는 과정을 살펴보면 특혜 정도가 아니다"라며 관련 로비의혹의 엄정 수사를 요구했다.
새정치민주연합 최민희 의원은 유 전 회장의 검거 지연에 대해 "검찰이 대통령을 망신시키고 있다. 대통령께서 몇 번에 걸쳐서 잡으라고 지시해도 못 잡는 검찰이 필요가 있나"라며 "검찰은 유병언을 잡을 마음이 없다고 본다"고 비판했다.
우원식 의원은 "해경 상황실과 청와대가 초기에 100통이 넘는 통화를 하면서 (탑승자들을) 구하는 것보다 보고에만 집중해 오히려 구조를 방해했다"며 청와대에 대한 수사를 검찰에 촉구했다.
여야 의원들의 비판에 김영호 감사원 사무총장은 "작년 감사는 모든 유형의 재난을 스크린하면서 해양·수산 분야로는 당시 자주 일어난 해양오염에 집중했다"면서 "앞으로 예산 등의 단순 지표로만 감사대상을 선정하지 않고 국민 생명에 영향을 미칠 수 있는 부분도 감안하는 '리스크 관리' 제도를 도입하겠다"고 답했다.
정의당 정진후 의원은 "경찰 무선통신 녹취록에 따르면 고잔파출소장이 '2학년 1반은 전원구조됐다고 학부모에게 전화왔답니다'라고 전했고, 이 내용을 곁에서 듣던 당시 단원고 행정실장이 '2학년 1반' 소리를 못 듣고 전원 구조만 확인해 학부모들에게 알렸다"고 주장했다.
그러나 이 청장은 "무선통신을 들었다는 학교 직원은 행정실에 있었는데 (경찰이) 무전으로 2학년 1반 전원 구조를 보고한 것은 4층 강당이었다"고 반박했다. 새누리당 윤재옥 의원도 "파출소장이 보고한 시간과 단원고에서 학부모에게 문자를 보낸 시간은 40분 정도 차이가 나 인과관계가 성립하지 않는다"고 거들었다.