선정절차는 현지조사와 적격 검토 후 공동체성, 공공성 및 지역성, 기업성, 일자리 창출 등을 갖추었는지 1차 시 심사를 거쳐 행정자치부가 최종 지정하며, 세종형 예비마을기업은 시에서 선정한다 .
선정된 마을기업에 대해서는 신규 1차년도 5,000만원 이내, 재지원 2차년도 3,000만원 이내, 세종형 예비마을기업은 1,000만원의 마을기업 운영 시설비, 물품구입비, 재료비, 홍보비, 인건비 등을 지원한다. (예비)마을기업 지정을 희망하는 법인·단체·기업은 관련서류를 구비 하여 방문 접수를 해야 한다.
공모에 신청하고자 하는 기업은 2016~2017년 마을기업 설립 전 교육 이수자로 출자자 최소 5인 이상 법인형태로 조직해야 한다. 예비마을기업은 최소 5인 이상 마을기업 설립을 희망하는 단체(기업)이면 된다.