공단은 1차 조직진단을 통해 지원부서인 본부의 기구를 축소하고 공정개선과 본부 인력 조정 등으로 정원 감축과 함께 1급 정원도 감축하는 혁신적 조직개편안을 마련하여 이사회 의결을 거쳐 본부 인력은 당초 인원대비 17%인 9명의 정원을 감축하여 취약한 하수관리 사업소로 재배치하는 등 현장중심 경영체계로 전환했다. 부서․사업소간의 정원 조정 시에도 이사회 의결과 시장 승인을 의무적으로 받도록 했다. 복수직급과 복수직렬을 단수․단일화하여 정원 관리기준을 명확히 함으로써 공단 고유사업에 대한 역량강화는 물론 매년 4억 여 원의 인건비성 경비 절감도 이룰 수 있는 것으로 예측했다.
또한, 시민 편리를 도모하기 위한 규제개혁을 추진하고자 법률이 아닌 공단 자체의 내부 규정과 시행내규로 시민생활 불편과 기업 활동을 저해할 우려가 있었던 17개 규제개선과제를 발굴 확정하고 규정과 내규 개정절차를 마무리했다. 그동안 공단의 “주관적 판단”, “포괄적 위임”, “지나친 관리․감독”, “기관 일방에 유리한 조항”, “일반 법 원리 대비 과도한 조항”, “부당결부 사항” 등 6대 분야에 해당하는 모든 규제 조항이 폐지됨에 따라 시민과 기업에게 어떠한 규제나 불편도 없는 공정하고 청렴한 공단이 되도록 하는 제도 개선을 완료했다고 밝혔다.