이는 종전 소득세·법인세액의 10%를 지방소득세로 징수하던 것을 소득세·법인세의 과세표준은 공유하되, 그 과세표준에 지방소득세의 독자적인 세율과 세액공제·감면 사항을 적용해 지방소득세를 산출하는 방식으로 과세체계를 개편한 것을 말한다.
그 동안 지방소득세는 전국 지방세 세수의 약 19%(2012년 지방세 총 세수 53조9천억원 중 지방소득세는 10조2천억원)를 차지하는 중요한 세원임에도 매번 국세의 과세정책에 따라 그 세입 여부가 결정됨으로 인해 자주재원으로서의 기능을 다하지 못한다는 지적이 있었다.
이번 독립세 전환은 지방소득세가 국세의 영향에서 벗어나 보다 안정적인 세수 확보를 가능하게 하고, 지방자치단체는 지역별 산업특성을 고려한 세액공제·감면 수단을 활용할 수 있게 되어 지역경제 활성화로 연계할 수 있는 기반을 마련했다는 점에서 의의를 가진다.
하지만, 이번 과세체계 개편 과정에서 소득세의 세액공제·감면 사항을 그대로 승계하다보니 국가의 정책적 필요에 따라 운영되는 세액공제·감면 사항이 많다.
이는 지방세입에도 영향을 미칠 수 밖에 없고, 결국 지방자치단체가 자주적인 세액공제·감면 정책을 추진해 나가는데 걸림돌이 될 수도 있다.
따라서, 「지방세특례제한법」에서 세액공제·감면 사항 중 법에서 규정할 부분을 최소화하고, 해당 지방자치단체가 그 필요성 여부와 재정 여건을 감안해 조례를 통해 선별적으로 채택하도록 정비할 필요가 있다.
또한, 과세표준과 같이 부과징수의 중요한 사항을 국세에 의존할 수밖에 없다는 한계와 누진구조의 지방소득세 세율 방식을 국세 세율체계에서 벗어나 보다 단순하게 개편해야 한다는 과제를 해결할 필요가 있다.
인천시 관계자는 “재산세제보다 세입의 신장성이 높고 안정성이 보장되는 지방소득세가 완전한 독립세로 발전해 지방의 자주재원 확충과 지방재정 건전성 제고에 역할을 다할 수 있기를 기대한다”고 말했다.